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FeatureScatter还可用来查看所有细胞或某个细胞中两个

FeatureScatter还可用来查看所有细胞或某个细胞中两个

作者: oceanandshore | 来源:发表于2023-11-22 23:52 被阅读0次

Seurat绘图函数总结(更新版) - 简书 (jianshu.com)

Seurat 4 R包源码解析 12: 二维散点图 FeatureScatter()

p1=FeatureScatter(pbmc, feature1 = "LYZ", feature2 = "CCL5")
p2=FeatureScatter(pbmc, feature1 = "S100A8", feature2 = "S100A9")
p1|p2
image.png

拿 nCounts_RNA 与 nFeature_RNA 的散点图(scatter)来说:

每个点代表一个细胞,斜率代表随着count的增加gene的增加程度。
count和gene一般呈现线性关系,斜率越大也就是较少的count就可以检出较多的gene,说明这批细胞基因的丰度偏低(普遍贫穷);反之,斜率较小,说明这批细胞基因丰度较高(少数富有)。
有的时候不是一条可拟合的线,或者是两条可拟合的线,也反映出细胞的异质性。
总之,他就是一个散点图,描述的是两个变量的关系**。

作者:iBioinformatics
链接:https://www.jianshu.com/p/96d4f612f661
来源:简书
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