Bioconductor包安装以及更新相关

注意

之前（低版本的R）Bioconductor包的安装主要通过source和biocLite来安装；

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
BiocInstaller::biocLite(c("GenomicFeatures", "AnnotationDbi"))

现在，BiocManager::install()是建议安装Bioconductor软件包的方法。

BiocManager::install(c("GenomicFeatures", "AnnotationDbi"))

现在Bioconductor已经更新到3.9，对应的R版本为3.6.0

Bioconductor releases 3.9

目前发布的Bioconductor版本为3.9;它适用于R版本3.6.0。较旧的R和Bioconductor的用户必须更新其安装以利用新功能并访问自上次发布以来已添加到Bioconductor的软件包 。

获取最新版本的 Bioconductor

需要注意的是首先需要将将R语言更新到3.6，才能将Bioconductor更新到3.9。

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install()

安装包界面

安装Bioconductor包

要安装核心软件包，请在R命令窗口中键入以下内容：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install()

安装特定的软件包，例如“GenomicFeatures”和“AnnotationDbi”

BiocManager::install(c("GenomicFeatures", "AnnotationDbi"))

查找Bioconductor包

BiocManager::available()

更新已安装的Bioconductor包

BiocManager::install()

参考资料

1. Bioconductor Home Install
2. windows环境下R语言版本升级以及Bioconductor更新
3. Bioconductor软件安装与升级
4. R语言 Bioconductor包的安装指南2019-05-20
5. Bioconductor安装R包连接不上的问题
6. Error: Bioconductor version '3.8' requires R version '3.5'; see https://bioconductor.org/install
7. 解决package ‘clusterProfiler’ is not available (for R version 3.6.0)