正选择分析

正选择分析

正选择分析总的来说包括三步：

1. 数据准备
   将单个基因的CDS或所有比对好的CDS进行合并在一起做进化树并导出其树文件；

2. 模型检测
   使用软件如codeml或easyCodeML进行分析，并对成对模型进行LRT检验。

3. 结果解读, 得到显著性的正选择位点.

参考：
正选择分析原理.
选择压力分析之EasyCodeML完整篇（By Raindy）. (推荐)
正选择分析之 Site Models
文章 Complete Chloroplast Genomes and Comparative Analysis of Sequences Evolution among Seven Aristolochia (Aristolochiaceae) Medicinal Species

密码子偏性分析

参考: 密码子使用偏性的分析方法介绍