PLncDB V2.0: 植物长链非编码RNA数据库

今天写写我们自己做的数据库，欢迎大家提意见，多引用。

长链非编码RNA是一类广泛存在、长度大于200 个碱基的非编码调控分子。它深度参与植物生长发育、逆境胁迫与次生代谢等诸多生命过程，是当前生物学研究的热点领域。

长链非编码RNA是一类无蛋白编码能力或编码能力极低的RNA转录本，通过靶标模拟、转录干扰、甲基化等机制调控真核生物基因表达。随着高通量测序技术的发展，越来越多的研究表明，长链非编码RNA在植物中广泛存在。目前拟南芥、水稻、玉米、小麦、番茄等重要植物均已开展全基因组长链非编码RNA的鉴定与研究。此前，国际上虽然有包括lncRNAdb、NONCODE、EVLncRNAs、PLNlncRbase、CANTATAdb、GreeNC等在内的多个植物长链非编码RNA相关数据库被成功开发并投入使用，但现有数据库或多或少地均存在注释标准不统一，缺乏包括表达量、靶基因、表观遗传学等重要信息的种种不足。

自从我们第一个版本发布之后（Jin et al, 2013 Bioinformatics），就获得了大量的访问。为创造性地开发一套更为科学系统、精准实用的百科全书式长链非编码RNA数据库，我们自NCBI公共数据库搜集整理的80种重要植物的13834个转录组测序数据（图1A），开发了适用于植物全基因组长链非编码RNA的鉴定分析流程（图1B），在全面整合其他现有资源的基础上，鉴定了1246372个植物长链非编码RNA（含31028个烟草长链非编码RNA），开发了植物长链非编码RNA数据库PLncDB（http://plncdb.tobaccodb.org/）（Jin et al, 2020, NAR）。

数据库可实现植物长链非编码RNA基因组位置、序列、结构、表达、表观遗传、调控网络等信息的全方位查询与可视化展示。同时，5个搜索引擎及JBrowse、eFP Browser、EPexplorer等分析工具，为数据库提供了强大的数据分析能力（图2）。作为一站式数据库，PLncDB将为植物与烟草长链非编码RNA研究提供更为精准、全面的大数据分析平台支撑。

欢迎大家多多引用，提意见。