（由于以前的几篇文章被平台锁了且申诉失败，只好重发一下）
在看paper的时候，经常会有这种图：
这是从UCSC browser上可视化数据然后截图下来的，我们可以将数据传到UCSC上，制作自己的track hubs，然后选择我们想看的区域截图就可以了。
1. Track Hubs的介绍
简单来说，track hubs相当于在UCSC browser上的一个可网络共享的一个基因组可视化工具。
在UCSC的页面选择track hubs，即可进入页面：
在国内一般会提示：
建议选择亚洲区，速度会快很多。
进去后在public hubs中可以看到别人做的hubs：
点connect，就可以看到别人做的hubs了：
在Hub development里可以检查我们创建的hub.txt是否有问题和直接可视化（此处xxx隐藏了部分网址），如果hub.txt中有错误的参数设置、找不到文件等这里会报错：
在My hubs中，贴上自己的hub.txt的url，就可以add进来了：
点击Assemblies下面的mm10即可进入，可以修改position看不同区域的情况：
2. 设置Track Hubs
核心的问题来了，上面的URL怎么得到呢？
首先我们需要创建类似于这样的文件夹：
Myhub/
-- genomes.txt
-- hub.txt
mm10/
-- trackDb.txt
--Mydata.bw
在Myhub文件夹下，有genome.txt文件，hub.txt文件和mm10文件夹，mm10下有trackDb.txt文件和我们的基因组文件(bigwig, bed等)。
UCSC上的例子：
genome.txt必须的内容（基因组版本和trackDb.txt的路径）：
genome mm10
trackDb mm10/trackDb.txt
hub.txt的内容（hub的名字；标签；genomes.txt；email；description）：
hub ENCODE_mm10_kallisto
shortLabel kallisto
longLabel kallisto mm10 data
genomesFile genomes.txt
email xxx@xxx.com
descriptionUrl description.txt
（description可以不加，不过在Hub development中check的时候会出现一个warning）
mm10/trackHub.txt的内容（仅展示了一部分）:
track neural-tube_15.5_1_forward
bigDataUrl neural-tube_15.5_1_forward.bw
shortLabel neural-tube 15.5 rep1 forward
longLabel neural-tube 15.5 rep1 forward
type bigWig
visibility full
autoScale on
maxHeightPixels 128:32:11
priority 1
color 255,0,0
其中：
bigDataUrl是我们要可视化的文件的名字；
type是格式，不仅仅支持bigwig还有bigBed、VCF、BAM等等格式。具体可以参考https://genome.ucsc.edu/goldenpath/help/hgTrackHubHelp.html中的介绍；
priority是优先级；
color不加默认是黑色，仅支持RGB格式。
然后我们将hub.txt的链接拷贝到UCSC的页面中就可以了。
另外，我们也可以通过链接访问到，比如如下链接：
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?db=hg19&hubUrl=http://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/ensembl/encode/integration_data_jan2011/hub.txt
db=hg19这里必须改成自己的基因组版本，后面的hubUrl也需要改成自己的。并且，最重要的是，如果我们使用亚洲版本的UCSC创建的hub的话，这个链接前面必须是http://genome-asia.ucsc.edu/，否则显示不出来。
3. 保存自己的hubs
在可视化界面，选择My sessions：
随后会跳转到如下界面，有账号的登录，没账号的需要注册一个：
登录了之后在Save Settings选择submit即可。
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