肿瘤内异质性评分(ITH score)是近几年的研究热点,对研究肿瘤内异质性具有重要的临床意义。现在我们手把手教你如何挖掘肿瘤内异质性相关的基因。
首先,第一步,下载基因矩阵数据(如果有自己的测序数据,最好用自己的测序数据,风险相对比较小),然后通过相关R包计算出肿瘤内异质性评分(ITH score)
第二,就是将肿瘤内异质性评分分为高分组与低分组,然后进行差异分析,得到差异基因
第三步,进行基因表达与肿瘤内异质性评分的相关性分析,根据其中的逻辑关系,筛选出候选基因
第四步,根据自己的经费、实验资源等条件,选择合适的方法进行验证候选基因
于是有人就会问道:不验证可以吗?可以的,只是不好发或者发不了文章而已。纯生信,也就是我们所说的生信数据挖掘,做出来的结果不一定是可信的,只有经过实验验证才能体现其结果的可靠性。所以现在的大多数期刊都很聪明,不补实验直接秒拒,也是现在为什么纯生信文章这么难发的原因。
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