今天要介绍的是世界首款商业化单细胞自动制备系统，10x genomics面市之前，C1是单细胞测序领域的龙头老大。不过，碍于细胞通量低（<1000），同时价格高！因此很快就被市场抛弃了，不过C1的SMART-seq灵敏度挺高，至今还是可以通过它来弥补高通量测序如10x genomics无法做到的 全长转录组测序+高基因检出率... ...
想要了解SMART-seq参考链接 SMART-seq的特点和原理
fludigm C1
1. Fludigm C1 的工作原理
C1 单细胞自动制备系统是基于动态微流控芯片技术，在一块芯片上实现单细胞的核酸样本制备所有步骤。
芯片规格：96/800 IFC design
细胞悬液加入到芯片后，系统产生压力，细胞流会沿着流路逐次通过芯片上 96 个单细胞捕获位点。液流系统会在捕获位点处产生一定的负压，将细胞捕获。
注入细胞悬液
捕获后的位点会被细胞封闭，因此一个位点可以捕获一个单细胞
捕获单细胞的原理
捕获完成后，每个被捕获的细胞都会被送入与捕获位点相连的一系列纳升级的反应小室中，分阶段完成裂解、反转录、预扩增，然后单个细胞制备的核酸样本，在液流系统作用下，单独分配到芯片上独立样本存储孔内。
独立的反应小室
single-cell genomics分析最常用的流程：
single-cell genomics
整个工作流程为：首先通过移液操作，将溶液中的细胞样品加在C1微流体芯片上， C1 系统在输入的指令下会快速自动分离出 96 个单细胞并分配到单个制备仓中；之后，研究员们可选择一个内控点验证捕获细胞的数量、区分死细胞和活细胞以保持数据的完整性；随后，在芯片上进行细胞裂解、RNA反转录及预扩增，整个过程无需任何手动的溶剂混合及样品转移操作。最后，预扩增 的cDNA 产物被收集出来，转移到 BioMark HD 系统中再进行定量 PCR 分析，或者illumina平台进行二代测序。
2. 技术优势
2.1 单细胞独立捕获设计
细胞单独捕获，隔绝在捕获仓，可以对所有细胞进行短时间的药物刺激后，再获取cDNA，进行基因表达谱的分析。
单细胞独立捕获设计
这项优势其实很鸡肋和牵强：药物刺激处理一个细胞后，再研究仅此处理的一个细胞的表达谱，得到的数据并没有代表性，不能反映药物处理的真实变化。大量细胞表达相似的基因表达谱才能更有力得证明药物处理的真实性。 然而，这种情形里明明有低成本同时高通量的操作手段（例如 10x），又何必再使用C1呢？
2.2 细胞可视化监控
- 细胞数量和细胞形态监控
- 可追溯：每个单细胞捕获仓都有编号
- 可标记：对死细胞进行标记，减少测序资源浪费；通过荧光抗体标记目标细胞，可以追踪目标细胞的基因分析结果
2.3 联合SMART-seq有优势
检测灵敏度高：有文献证明 C1 的 mRNA Smart-Seq 方案具有极高的基因检测灵敏度，以小鼠胚胎干细胞的基因表达为例，可以覆盖 8800 基因，Drop Seq 仅为 3158 基因，——BioRxiv preprint first posted online Jan. 5, 2016；
2.4 可提供的单细胞研究方案丰富
功能强大：目前可提供 14 种单细胞研究方案，更多的方案正在研发中，用户也可通过Open App软件根据自己的研究需求开发出合适的样本制备程序；
3. 应用方案
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C1系统25种应用方案总览
C1系统25种应用方案总览
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区分通量（800/96）的应用方案：
应用方案
4. 仪器使用说明
（1） 通过 C1仪器侧面的电源控制器刷卡打开仪器。
刷卡打开仪器
仪器正在打开
（2）10-15 秒后，确认触屏能显示如下的界面：
仪器打开界面
（3）点击“Login”，以管理员“Admin”身份登录
仪器登录
（4）点击屏幕的“OPEN”,将微流体芯片放入仪器的芯片托盘中。
放入芯片
（5）点击“Load”装置芯片。
Load芯片
（6） 点击要运行的实验程序，按“START”运行程序。
选择和运行对应的实验程序
（7） 实验程序结束后按“EJECT”取出微流体芯片，按“CLOSE”
关闭芯片托盘。
实验结束，取出芯片
（8）仪器使用结束后，按“Log Off”退出。
（9）刷卡关机。
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