使用varscan2检测肿瘤样本的变异之前,需要先生成pileup文件。根据varsan官网指导,运行命令如下:
samtools mpileup -f [reference sequence] [BAM file] >myData.pileup
此步骤运行多次无结果
google之后,必须加上
-A, --count-orphans do not discard anomalous read pairs
使用varscan2检测肿瘤样本的变异之前,需要先生成pileup文件。根据varsan官网指导,运行命令如下:
samtools mpileup -f [reference sequence] [BAM file] >myData.pileup
此步骤运行多次无结果
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-A, --count-orphans do not discard anomalous read pairs
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