阿奎那在《神学大全》第一部分中提出了对“上帝存在”的五种论证，后世称之为“五路论证”：
第一个论证来自亚里士多德的“不动的推动者”，即任何一个运动的物体必然受到另一个运动物体的推动。但是这不可能无限推论下去，因此必定存在一个“第一推动者”，那就是上帝。
第二个论证也是从亚里士多德那儿来的。根据四因说，任何东西都不是自己的动力因，也就是说，所有东西的运动都是被其他东西推动的，运动的动力因必定是其他东西。然而这样无法推到无穷，因此必然存在一个最初的动力因，也就是上帝。
第三个论证从偶然性出发。阿奎那说，很多事物都不是必然存在的，而是偶然存在的。但不可能所有事物都是偶然存在的，否则总有一个时刻，所有事物都不存在。因此，必然有一个事物是在任何情况和时刻下都存在的。这个必然的存在就是上帝。
第四个论证建立在万物性质的级别上。阿奎那说，事物之间总有高下优劣之分，任何性质都可以分出等级。等级制中必然有最高的一级，而最高级必然是导致其他等级的原因。因此，“完美”和“存在”的最高级必然也是导致一切完美和存在的原因，也就是上帝。
第五个论证被称为目的因论证，这个论证也是受到了亚里士多德的影响。在世界中万事万物总有一个目的，例如种子长成一朵花或一棵树。阿奎那说，这个世界中的东西虽然目的不同，却能和谐相处，具有秩序。这种和谐秩序一定是因为存在一个最高的目的，就是上帝。这个论证又可以被称为“设计论论证”。因为上帝就好像是一个异常智慧的设计师，设计好了世界上每一样东西、每一种生物存在的目的，并把它们和谐地组织起来。
阿奎那在《神学大全》第二部分中主要探讨的是伦理问题，这部分比其他部分都要长很多。阿奎那继承了亚里士多德的观点，认为人生的最高目标是幸福，但这种幸福不是快乐、富裕、荣誉或任何肉体的感受。幸福存在于理智和道德相互一致的活动中。阿奎那进一步认为，满足亚里士多德对幸福规定的是理智活动，而理智活动的最高形式是对上帝本质的沉思。从基督教信仰出发，阿奎那区分了自然德性（natural virtues）和神学德性（theological virtues），拥有自然德性的人追求的是此世中的善与幸福，即对真理的追求和对欲望的掌控；而神学美德，即基督宗教中的三圣德“信”“望”“爱”则是超验的，也是超越人之本性的，因此只有这种美德才能带来彼世的、属灵的幸福。
阿奎那伦理学的核心是“自然律”，他认为自然律是人类道德准则的来源。中世纪经院哲学所说的自然律并不是现在人所理解的自然规律，也不完全指人的本性，例如自我保存、趋利避害等。阿奎那所说的自然律是凭借理性的架构拾级而上的。根据亚里士多德的目的论，人总会趋向于一个最终的目的，一个至高的善，但这一过程总需要一个起点和最基本的前提。例如，人的理智之所以可以把握世界，是因为人会运用最基本的逻辑定律——同一律、矛盾律和排中律。阿奎那说的自然律就是实践理性和道德判断中的那些出发点和基本原则。其中，对于“善”的最基本定义就是让人能够成就自我的东西，而第一个最基本的实践判断就是“行善避恶”。自然律包含所有那些毋庸置疑的原则和判断，并将之应用到特定的生活场景中，包括饮食、家庭、社会等。阿奎那认为人是普遍向善的，而自然律则引导人们去实践伦理生活。
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