为什么要使用bioconda？

自行解决依赖问题；可以安装多版本的软件；所有软件下载在同一目录下
bioconda 是生物信息软件的AppStore。支持搜索，下载，安装，升级，删除等操作。目前支持超过 7000 多款生物软件的安装。
bioconda官方网址：http://bioconda.github.io/
anaconda官方网址：https://anaconda.org/bioconda/repo

Anaconda，Miniconda 以及bioconda之间的关系：

Anaconda： 最全的 Python 包的数据科学平台
Miniconda：精简版的Anaconda
bioconda： 专门用来管理生物软件 （定制版）
Anaconda 和 Miniconda 是软件，bioconda 只是一个特定的软件源。三者的管理工具都是conda 命令。
1、下载安装：

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 
sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 
一路yes
source ~/.bashrc 

2、添加软件源：
bioconda 是官方版软件源，conda-forge 通道是社区版

conda config --add channels bioconda 
conda config --add channels conda-forge 

完成上述步骤会在用户的家目录下创建一个.condarc 文件，并将这些软件源写入该文件。

更改镜像

目前我使用的是清华大学镜像：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
添加清华大学镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ 

简单操作

查看已安装软件

conda list  

搜索软件

conda search htslib 

安装软件

conda install -y htslib=2.1.1  #全部yes 安装指定版本，如果不写默认安装最高版本 

升级软件

conda update htslib 

移除软件

conda remove htslib 

mamba比conda更具优点

mamba 运行效率高，是用 c++重写了 conda 的部分功能，使用 rpm 包管理工具中的 libsolv，可以更快的解决环境依赖问题。
安装：

conda install -c conda-forge -y mamba

后面所有用到 conda 的地方，都可以使用 mamba 替换