这个故事，始于张国荣的旭仔，结束于王菲的王靖雯。
上个世纪的六十年代，香港人正在经历着归属与漂泊，每个人都在寻找，有人在寻找立根之地，有人在寻找着陪伴，有人在寻找着爱情。
旭仔总是把自己比作是无根之鸟，他也在寻找，寻找着自己的亲生父母。
养母年轻的时候是个交际花，受他亲生父母的嘱托抚养他长大，如果一直不告诉他的话，那么旭仔大可以交际花儿子的身份长大。
可知道了，便想知个究竟，他并非接受不了做一个交际花的儿子，他只是没有办法来接受自己被抛弃的这件事情。
大家都在寻找归属，他却只得生活于自己被抛弃的现实当中。
被抛弃是种耻辱，可以慰藉他的，是抛弃别人，被抛弃意味着不被爱，他不需要被别人爱，也不愿意把自己的爱分享给别人，他自己来爱自己就够了。
对女人，旭仔是个很混蛋的人，他身上仿佛有一种吸引女人的魅力，但吸引过后，却是无所顾忌的抛弃。
苏丽珍本是一个杂货店的售货员，如果不是旭仔的主动，他们两个这辈子都不会发生什么故事的。
苏丽珍一直都搞不明白旭仔为什么会出现在她的生命当中，一如她一直都搞不明白，旭仔为什么可以那么轻易的从他们两个之间的爱情当中全身而退。
关于那一分钟，有人可以轻易忘记，有人却是轻易记得。
那个叫咪咪的舞女，恰好出现在苏丽珍的后面，成为了新的陪伴在旭仔身边的人。
她和苏丽珍最大的不同，就是她可以大方的承认之间的喜欢和爱情，并且竭尽全力的抓住，她敢同旭仔发脾气，在意识到真的生气的时候，还能适当的服软，并没有苏丽珍那般的关于自尊的执着。
旭仔家附近有一个巡逻的警察，叫超仔，在第一次看见苏丽珍的时候，就已经把心放在了她的身上，但那个时候她是旭仔的男朋友，而自己也不过是一个普通的小警察，即使看到苏丽珍从旭仔家走出来的失望，他最终也没敢说出自己的喜欢。
旭仔有个小弟，叫歪仔，他也经历了一次一见钟情，他喜欢的是咪咪。
看到咪咪的时候，脸上总是止不住的笑意。
本是舞女的咪咪怎么会看不出来呢，她大方的说出了自己的拒绝，因为她爱的是旭仔。
60年代的香港，很多女孩子谈恋爱结婚，不过是想给自己找个可以叫做家的地方，苏丽珍因为想和旭仔结婚，所以分手了，咪咪聪明，她只谈恋爱，不谈未来。
后来，旭仔知道了自己的身份，他是混着西班牙和菲律宾贵族血统的私生子，得知这个消息，便义无反顾的去了菲律宾，除了歪仔，谁也没告诉。
此时的苏丽珍，带着自己倔强的自尊撇开与旭仔的关系，但咪咪，却疯了似的在找寻着他。
她不理会歪仔的爱情，他们两个可以说的话，只是一个问题，旭仔去了哪里。
歪仔本来答应了旭仔不告诉任何人，但爱情让他不忍看自己爱的女人为了自己的好兄弟而如此难过。
所以，歪仔将旭仔留给他的车卖掉，把钱给了咪咪，咪咪随即踏上了去往菲律宾的路。
既然他的爱是不被接受的爱，那么歪仔的成全，可能会让那个女人记住他吧。
旭仔的认母道路并不顺利，当初抛弃他的女人，现在也没想认回这个儿子，皇室又怎么会容忍这个私生子。
回去的时候遇到了超仔，当初那个小警察在母亲死了之后出来跑船了，也和苏丽珍失去了联系。
旭仔死在了回程的火车上，外面是蓝色的森林，他被乱枪打死。
此时，咪咪出现在了菲律宾，住在了同一家华侨宾馆。
在低矮的阁楼当中，一个男子在低矮的阁楼当中，优雅缓慢的穿着西装，对着镜子仔细的梳着自己的头发一丝不苟的收拾着自己，这个叫周慕云的阿飞，也要开始属于他的故事了。
周慕云和苏丽珍都各自成家了，他们两个在同一天搬家，并且恰好彼此都住在隔壁，开始时小心翼翼的客气的打着招呼，一来二去之间，两个人便彼此相识。
迫于这个社会当中的道德伦理，他们两个都竭力的压抑着那类似爱情的感觉。
在闲言碎语诸多的弄堂，他们生怕会被邻居发现彼此之间的爱情。
两个家庭的破碎源自于一次背叛，四个人中，首先做出背叛的却不是他们。
在知道了彼此的伴侣对他们的背叛之后，他们两个或许是出于报复的目的，在东方旅馆的2046房间，两个人度过了很难被忘记的一段时间。
各自的家庭已经维系不下去了，被老婆背叛，也得不到苏丽珍的接纳，周慕云让苏丽珍为他买一张去新加坡的船票，他问苏丽珍如果多一张船票，会不会跟他走，苏丽珍的沉默被他当做了拒绝。
周慕
云辗转走了几个东南亚国家，一直都靠着写字来谋生。
在新加坡的时候他认识了一个叫做露露的舞女，他们是很好的朋友，露露告诉周慕云，她一直都在找她的男朋友，那是一个像是无根鸟一样的男人。
周慕云在新加坡穷困潦倒的时候混迹赌场，在赌场当中遇到了一个职业赌徒，她总是左手戴着一只黑色的手套，她帮周慕云赢了很多钱，帮助他走过了最为窘迫的时候。
并且，她的名字叫苏丽珍。
这使周慕云想起了那个穿旗袍的女人，所以，他想回香港了，新加坡的苏丽珍，不愿意同她一起回去。
周慕云回到香港之后去了之前租住的房子，站在了苏丽珍的家门前，却没有想到，自己经常想念的那个女人就在里面。
隔着一堵墙的时候，他们两个无法相爱，隔着一扇门的时候，两个人如此轻易的错过。
周慕云回到香港之后又遇见了露露，但露露却失忆了，完全不记得他，露露住在东方旅店的2046房间，他和苏丽珍一起写武侠小说的那个房间。
露露不再找旭仔了，她找了一个长的很像旭仔的男朋友，她的失忆或许只是想放下自己的感情包袱，忘记那个叫旭仔的男人。
后来，她被男朋友在2046捅了两刀，死去了。
无奈，搬入东方旅店的周慕云只得住在了2047房间，并且窥探着2046当中的一切。
周慕云在香港依旧是写字为生，但大多数的，只是写一些H小说。
他在香港过着花天酒地的生活，对待女人和性也不再是之前面对苏丽珍的时候的小心翼翼。周慕云这个男人浑身都散发着魅力，惹的女人忍不住的主动。
白玲就是其中一个。
但白玲遇到他的时候，他已经不想有爱情了，他已经将自己的心做出了封锁。
白玲倾注了一番的心，换回的不过是周慕云的以朋友为由的拒绝，唯有离开才可将一切保全。
旅店老板的大女儿叫王靖雯，和日本籍的男朋友很是相爱，可是却遭到了父亲很明确的反对，她不知道该如何反抗。
周慕云知道之后乐得帮助她和爱人相见，站在窗外抽烟的时候，透过玻璃看着打电话的女子，不自觉的产生了同苏丽珍那般的情愫。
将手放在玻璃上细细的描摹她的姿态，但无奈，王靖雯心有所属已不是秘密，短暂的暧昧，短暂的结束。、
王靖雯终于得到了父亲的祝福，和日本的爱人结婚。
后来，他整理了自己所遇到的那些女人和爱情，着手写了一本叫做《2046》的小说。
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