南瓜的苗龄一般在25～30天，苗床管理分2个阶段，即出苗前的管理与出苗后的管理。
出苗前的关键任务是保温防鼠。刚播种后要加强保温保湿，密封苗床，夜间需加盖草帘保温，白天应尽量争取光照，使白天的苗床温度保持在25～30℃，夜间保持在12-15℃。种子发芽势强的，一般3天以后即可出苗。如果苗床白天的温度只能维持在20℃左右，不仅出苗时间会延迟，而且长出的瓜苗瘦弱，不利成苗。因此，播种前要注意考虑近期的天气情况，如果是在早春育苗，应选择冷尾暖头的天气播种。晴天中午，如果床内温度超过40℃时，应注意遮阳，防止继续升温，造成高温烧种;也可将薄膜的两头揭开进行放风，待温度降至30℃时，再封闭两头。但揭开薄膜两头，容易降低床内湿度，严重时出现出苗不齐。
出苗后的管理，中心任务是降低床内湿度，防止徒长出现高脚苗和病害的发生。当种子开始拱土时，要及时揭开两头薄膜放风降温，以防止幼苗徒长，瓜苗全部出土后，要加强通风，以降低湿度，防止猝倒病的发生。白天保持在20～25℃，夜间在10℃左右。如果是在露地搭小拱棚育苗，当遇到雨天时，要盖好薄膜，但两头须打开通气。
南瓜苗期一般不需浇水，但当发现营养钵或营养块表土发白，泥土变硬幼苗有凋菱现象时，应酌情浇水。浇水应选择晴天下午3时之前进行。尽量不要浇清水，可配0.1％甲基托布津液进行，可采用喷壶等进行喷酒，切忌多次浇水和浇水过多，以免引起幼苗徒长。当幼苗长至一片真叶时，可根据天气、瓜苗长势及大田定植准备情况，适当浇施0.4％的三元复合肥水，以利培育壮苗。
南瓜在春季育苗期间外界气温已高，一般不会有大的霜冻和冻害发生。但是，如有寒潮突袭，还是应小心防冻般白天中午苗床的温度都可能超过适宜的温度界限范围，这时可揭开塑料薄膜放风，放风口要由小到大，逐步加大。阴雨天少放风。风大天冷时要躲避风向开放风口，或者边开边关，以换风透气为主，不使冷空气直接吹入影响瓜苗生长。随着气温的不断提高和幼苗的生长，秧苗应加强锻炼，在没有霜冻的夜间，苗床可以不盖草席，并适当控制水分，保持苗床见干见湿，勿使过干，致苗萎蔫;亦勿使过湿，致病害发生，促进幼苗叶厚色绿，茎秆粗壮。
采用营养土方进行育苗的，当瓜苗长出2～3片真叶时可进行囤苗。回苗的目的是抑制植株地上部分的生长，促进根系发达，增强植株的抗性，使其能够逐步适应大田的栽培环境。方法是:在囤苗前一天浇透水，掌握土坨不散也不过湿为宜，翌日用花铲或薄片刀将土坨以幼苗为中心，切成7ー9厘米见方的土块，切后按苗距10～12厘米排列好，并用细土将苗坨之间的空隙填满。如果遇阴雨天被淋湿而散坨，要继续盖好塑料薄膜。一般苗后7～10天即可定植。
定植前，苗床集中喷一次杀菌剂和杀虫剂，防止蚜虫等扩散入大田。
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