m6A甲基化综合型数据库

导语

m6A是mRNA和lncRNA上最普遍的RNA修饰，也是哺乳动物中最显著的RNA修饰。它在各种生物学过程和疾病发病机理中起关键作用。最近的研究表明，m 6A在包括病毒感染，压力，热休克和DNA损伤内部的各种生物过程中起着关键作用，并调节多种分子功能，例如RNA-蛋白质互作，RNA稳定性和翻译效率等。变量，m6A失调与多种疾病有关，包括多种癌症，例如白血病和神经胶质瘤。

今天所介绍的m6A-Atlas是一个全面高可信度数据库，专门用于解读m6A表观遗传组，m6A-Atlas具有可靠的m 6 A位点和定量表观转录组谱的高可信度集合。它还提供了保护，转录后机制的位点，假定的生物学功能和单个m 6 A位点的疾病关联以及感染过程中宿主和病毒的转录组。

m6A-Atlas的特点如下：（1）收集了从7种碱基分辨率技术中鉴定的442162个高置信度m6A位点，并从1363个高通量测序样本中估算出定量(而非二元)的表转录组谱。(2)收录人、小鼠、黑猩猩等7种脊椎动物m6A位点情况，以及HIV、KSHV、DENV等10种病毒的m6A图谱情况。(3)由表观转录组数据预测各个m6A位点的生物学功能，以及由疾病相关的基因突变推断m6A位点的潜在发病机理。(4)对m6A位点进行转录后机制注释(RBP结合、microRNA相互作用和剪接位点)，同时提供多种RNA修饰的图谱数据。

m6A-Atlas

http://180.208.58.66/m6A-Atlas/

以下，从5个方面介绍m6A-Atlas的使用功能。

01

search

这是数据库主页搜索功能。先在左侧选择对应的物种，系统自动选的是人类，然后输入自己所查询的关键词，这里我们以基因SOX4为例。搜索结果如下：基因SOX4有52个m6A修饰位点，每个位点的注释信息包括了基因组位置，基因位置，来源文章ID，检测技术，细胞系/组织，是否有对应SNP编号，是否处于RNA结合蛋白结合区，是否处于剪切区域，是否属于GWAS位点，是否存储于突变数据库等，还有GO预测。

点击某个m6A位点（图中蓝色字体）查看细节，可以看到如下信息：

A--基因基本信息：

修饰位点的基本信息，比如染色体位置，基因位置等。

B--N6-甲基腺苷（m6A）甲基化修饰水平：

这里是把52个项目的所有样本数据都整合在了一起，可以在下拉框中选择样本类型和处理条件。

C--基因表达水平：

D--动物保守性：

E--位点附近的其他RNA修饰情况和转录后调控信息。

F--位点注释信息（RBP信息，转录因子结合信息，染色质可接近信息等）

human_m6A_141368的 RNA结合区

--human_m6A_141368的转录因子结合位点：

在右上方可以搜索关键词，拉动滚动条可以看到更多详细的信息：

查看JBrowser：

回到搜索结果页面，下拉可见搜索位点的统计情况（技术类型占比和样本类型占比）

02 

Eukaryote

真核生物不同RNA修饰，不同技术平台获得的修饰位点总览。

上面筛选条目我们可以选择不同的修饰物，如m6A、m6Am、m1A、m7G、m5C；选择不同的组织、细胞系，并且种类也可以选择，也可以选择特定技术如DART-seq。

在下方点击不同的RNA修饰物，对应的数据点也会随之变化。

03 

Virus

不同样本的病毒m6A修饰位点总览，点击不同的viral会更新数目。

04

Tool

这里有两个功能：

1）上传数据的m6A修饰位点保守性分析

2）基于数据库现有数据进行差异修饰m6A区域分析（自己选择物种，对照组样本和处理组样本）

在Download，部分原始数据可以用于下载。m6A数据还提供了其他六种RNA修饰位点，这些资源一起为研究m6A复制组的复杂性提供了新的可能性。与现有的转录组数据库相比，m 6 A-Atlas具有可靠的m 6高可信度集合，一个位点和特定于条件的定量（而不是二进制）表观转录组谱。在七个脊椎动物（包括人类，小鼠和黑猩猩）中保留了m6A位点，10种病毒（包括HIV，KSHV和DENV）的病毒表观转录组，假单胞菌的假定生物学功能。

整体而言，这可能是目前最普遍的综合和全面的关于m6A的摘要，有大量高放置信度的m6A位点信息，并标注了与转录和转录后机制（TF结合，RBP结合），试问谁不爱呢？好啦，最新的m6A-Atlas 数据库今天就给大家介绍这么多啦，下期再会。

References:

Yujiao Tang, Kunqi Chen, Bowen Song, Jiongming Ma, Xiangyu Wu, Qingru Xu, Zhen Wei, Jionglong Su, Gang Liu, Rong Rong, Zhiliang Lu, João Pedro de Magalhães, Daniel J Rigden, Jia Meng, m6A-Atlas: a comprehensive knowledgebase for unraveling the N6-methyladenosine (m6A) epitranscriptome, Nucleic Acids Research, , gkaa692, https://doi.org/10.1093/nar/gkaa692