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批处理!功能富集分析、基因ID转换、查找同源基因、SNP注释一站

批处理!功能富集分析、基因ID转换、查找同源基因、SNP注释一站

作者: 橙子牛奶糖 | 来源:发表于2020-11-13 19:57 被阅读0次

看文献的时候,发现了g:Profiler这个宝藏工具,测试了一下,使用起来超级方便、好用,一定要分享给大家~

g:Profiler网址:

https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/

下面具体讲一下该网站的功能。

1、GO 功能富集分析

功能富集分析包括:Gene ontology, biological pathways, regulatory motifs in DNA, protein databases, human phenotype ontology

进入网址https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost

在方框中输入Ensembl ID,随后点击Run query即可。

image

下面是相应的结果

image image

个人觉得挺好看的呢~

2、基因ID转换

该网站的基因ID转换包括:

1)60个物种基因ID的转换;

2)Ensembl, Refseq, Illumina, Entrezgene and Uniprot identifiers等不同数据库来源基因ID的转换;

3)基因,蛋白质,芯片探针等ID转换;

进入网址https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/convert

示例图如下:

image

3、查找同源基因

该网站支持190种物种的同源基因查找。

进入网址https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/orth

以人类转小鼠为例:

image

4、SNP注释

SNP注释的信息包括chr,pos,变异所在的基因,变异类型,变异对基因的影响

进入网站https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/snpense

示例结果如下:

image

今天就讲到这啦,各位周末愉快!~


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