痛风石最喜欢的“居住地点”是人体的关节内和关节周围的组织，在关节附近的骨骼、和关节附近的滑囊膜、腱鞘与软骨内，侵入骨质形成骨骼畸形，或使骨质遭受损毁，如关节软骨、滑膜、骨骼、肌腱、韧带、关节囊等部位。人体四肢的远端小关节是痛风石最为“青睐”的地方，像跖趾关节、踝关节、足背、手指关节、掌指关节、腕关节和手背等；人体耳廓上的软骨也是痛风石的首选“居住地”，四肢较大的关节部位，如膝关节、肘关节，则可算的上痛风石的“宜居环境”。
痛风石有时也会出现于典软骨、睑板软骨、角膜和巩膜等部位。甚至在大动脉、心肌、主动脉瓣、二尖瓣、三尖瓣、舌、会厌、声带和钓状软骨、气管软骨、阴茎、包皮上也会出现痛风石。
而躯干部位如胸、腹、背、腰、臀、肩和四肢的上臂和大腿部位，痛风石则相对比较少见。肝脏、胆囊、胆道和胰腺等处罕见。曾有报道在唾液中找到尿酸盐结晶。脑、脾、肺未见痛风石。
人体的内脏也可发生痛风石，主要见于肾脏实质。有时可见于输尿管和膀胧。也最常受累的系统是泌尿系统（如肾脏、输尿管和膀胱），毕竟这是尿酸的出口部位，容易出现尿酸的沉积，另外，胆囊也是比较常见的痛风石部位。
事实上，除了中枢神经系统由于受到血脑屏障的保护，所处的环境里的尿酸浓度远低于其他部位以外，人体几乎所有的组织都可能出现痛风石。
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