文献信息：
标题：Improved metagenome binning and assembly using deep variational autoencoders
中文：深度变分自编码改进宏基因组分箱和组装
杂志：NBT
时间：2021.1.4
摘要：
尽管近年来在宏基因组分类方面取得了进展，但从宏基因组数据中重建微生物物种仍然具有挑战性。在这里，我们开发了用于宏基因组分类的变分自编码器(VAMB)，该程序使用深度变分自编码器在聚类之前对序列co丰度和k-mer分布信息进行编码。我们证明了一个变分自编码器能够整合这两种不同的数据类型，而不需要任何先前的数据集知识。VAMB优于现有的最先进的binners，分别在模拟和真实数据上重建29-98%和45%更接近完整(NC)的基因组。此外，VAMB能够从1000个人类肠道微生物组样本中分离出紧密相关的菌株，平均核苷酸同源性(ANI)高达99.5%，并重构了255个和91个NC型vulgatus和dorei Bacteroides样本特异性基因组，形成两个不同的集群。我们使用来自该数据集的2606个NC箱显示人类肠道微生物组的物种具有不同的地理分布模式。
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