miniconda安装配置及使用

1、下载

wget 链接

wget

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

image.png

开始下载，一直按enter，直到出现

image.png
image.png

按enter

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输入yes，最后成功安装

添加镜像

# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

代码来自生信星球
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查看当前所有软件列表

conda list

搜索和安装软件

如果制定版本号，则输入命令

conda install fastqc=0.11.7 -y        #-y表示自动安装

搜索和下载
下载过程
下载好了

卸载软件

卸载

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查看当前conda环境，发现在家目录或者biosoft下查看环境是一样的
*表示默认的

查看环境

先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

image.png

创建后多了rna-seq但默认还是base

image.png

激活后*在rna-seq前，并且用户名前出现rna-seq

激活后