hmmer

作者: Bettrry | 来源:发表于2018-04-04 13:09 被阅读70次

    直接下载安装即可 最近喜欢在清华镜像上面搜 如果是在找不到地址,不妨用一个装了conda的电脑conda install xxx 然后不要y,看看软件的安装源及所需插件。这样就能很快速的找到你缺的东西了。把网址拷到浏览器,比官网快太多了。比如hmmer:官网地址http://www.hmmer.org/download.html

    清华镜像:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/linux-64/

    一般的软件都能找到。你返回上一层就是mac版本

    下载hmmer

    hmmer-3.1b2-3.tar.bz2 

    先建立一个hmmer-3.1b2-3文件夹,把hmmer-3.1b2-3.tar.bz2 放进去再解压。会生成四个文件夹,不需要编译。如果想全局调用添加环境变量到。。。/hmmer-3.1b2-3/bin就可以

    建议数据库单独建立一个文件夹

    关于数据库此处调用PFAM.地址:pfam.xfam.org/的ftp入口里面找不同版本。下载Pfam-A.hmm.gz..\

    解压该文件,得到Pfam-A.hmm,输入hmmpress Pfam-A.hmm编译该文件。

    结束后可以在任意文件夹执行 hmmscan的相关操作

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