在先天性免疫和适应性免疫的配合下，入侵的细菌最终会被彻底消灭，但如果入侵的病原体是病毒呢，这时免疫系统又会如何保护我们？据统计，能感染人类的病毒约有200种，其中最常见最致命的病毒，大都是通过呼吸系统的黏膜进入人体的，那么就让我们以甲型流感病毒为例，看看它们通过黏膜入侵人体后会出现哪些情况。
病毒最主要的特点是没有细胞结构，所以它们只能寄生在细胞内部进行繁殖，就像躲在特洛伊木马里的士兵一样，这样就更不容易被免疫细胞发现。而且病毒的个头远比细菌要小，自我复制的效率极高，能在很短时间内拷贝出成千上万个自己。面对这么狡猾的敌人，人体是如何应对的呢？
免疫系统对付病毒和细菌的相似之处我们就不重复说了，主要说说哪些地方不同。首先，细胞一旦发现自己被感染，就会紧急释放一系列细胞因子，这是一类能传递信息的蛋白质，其中最重要的是干扰素，它能有效干扰病毒的入侵和繁殖，提醒其他细胞做好预警。随后，检测到异常的先天性免疫细胞会赶赴战场，巨噬细胞开始吞噬，中性粒细胞提升炎症水平，它们还会释放一种名叫热原质的物质，来让人体发热，这是一种对付病毒的免疫策略，因为高温能提升免疫系统的工作效率，还能降低病毒的活性。
同时树突状细胞也开始采集抗原信息，它会激活辅助性T细胞，辅助性T细胞又会激活B细胞。但这次辅助性T细胞又多了一项职责，那就是激活它的兄弟——作为“杀手”的杀伤性T细胞。杀伤性T细胞一旦发现被病毒感染的细胞，就会立刻给这个细胞下达指令，让其自行了断，从而阻止病毒的复制和蔓延。
但问题是，病毒在细胞内部，杀伤性T细胞是怎么知道谁被病毒感染了呢？这就得说到人体细胞的一个巧妙机制了，那就是细胞会在自己的表面，持续展示自己最近合成了哪些蛋白质，就像布置了很多小展示窗一样，如果展示出了病毒的特征蛋白质，那就意味着自己被感染了。杀伤性T细胞就是通过检查这些小展示窗，来判断谁被感染的。可问题是，有些病毒特别狡猾，它们会破坏这些展示窗，从而不让自己被发现，那这时该怎么办呢？
魔高一尺道高一丈，先天性免疫的“纠察员”自然杀伤细胞，对付的就是这种情况，它们的任务很简单，只看细胞有没有展示窗，没有展示窗的统统杀死。这样，任何想偷奸耍滑的病毒都难逃免疫系统的法眼。
值得注意的是，消灭敌人之后，免疫系统还有一些工作要做。首先是关闭免疫应答，因为免疫系统威力太大、太危险，开启时既消耗能量，炎症高温等生理过程也可能伤害自身，所以免疫应答一直有一种关闭自己的倾向，它只有在受到持续的外部刺激时才能保持开启状态，而当病原体被消灭干净、外部刺激消失后，就会逐渐关闭，大量战斗细胞随之死亡。但为了防止病原体的再次入侵，战斗过的T细胞和B细胞会留下一部分，转化成记忆T细胞和记忆B细胞，它们会化身图书管理员，记录下敌人的特征，始终警惕敌人的下一次到来。
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