单基因生信分析流程（9）单基因与免疫细胞相关分析

单基因生信分析流程（1）一文解决TCGA数据下载整理问题

单基因生信分析流程（2）一文解决差异分析和基因相关分析问题

单基因生信分析流程（3）一文解决生存分析和临床参数相关分析

单基因生信分析流程（4）单基因的下游通路GO、KEGG或者GSEA

单基因生信分析流程（5）计算单基因相关miRNA

单基因生信分析流程（6）单基因相似性分析

单基因生信分析流程（7）得到差异突变基因

单基因生信分析流程（8）识别差异CNV

单基因生信分析流程（9）单基因与免疫细胞相关分析

具体步骤：1）通过下载和整理表达量数据； 2）ssGSEA分析，得到每个样品免疫打分； 3）根据ssGSEA打分。 4）计算特定基因的表达量与ssGSEA各个免疫细胞打分的相关性。

We analyzed 29 immune-associated gene sets which represented diverse immune cell types, functions, and pathways. We used the ssGSEA to quantify the activity or enrichment levels of immune cells, functions, or pathways in the cancer samples.
ssGSEA(single sample GSEA)主要针对单样本无法做GSEA而提出的一种实现方法，原理上与GSEA是类似的。ssGSEA根据表达谱文件计算每个基因的rank值，再进行后续的统计分析。

第一步，得到基因表达矩阵