【RNA-Seq 实战】二、软件安装

使用conda安装

bash Miniconda2-.......sh

同意conda添加到.bashrc后就可以直接在环境中使用conda命令了
$ source ~/.bashrc
$ conda

进入到rnaseq环境
$ conda activate rnaseq

$ conda install -c bioconda trimmomatic

不想显示提醒：conda install trimmomatic -y 

查看环境内安装软件

(rnaseq) root 17:34:53 ~/miniconda3/envs/rnaseq/bin
$ ls

已安装的软件：

trimmomatic、cutadapt、trim_galore

star、hisat2、bowtie2、bwa、subread

htseq、bedtools、deeptools

下一篇我们将进入处理流程。

我们下一篇再见！