美文网首页
利用Conda来安装软件

利用Conda来安装软件

作者: 陈光辉_山东花生 | 来源:发表于2020-02-24 19:47 被阅读0次

安装conda并把conda写入PATH

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

安装频道bioconda

conda config --add channels r
conda config --add channels defaults
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda 
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda install -c bioconda multiqc

软件搜索:看你要的生信软件是否有,以samtools为例
conda search samtools
软件安装:
conda install samtools
conda install samtools=(版本号)
其他目前常用的一些conda命令:
conda config --get channels ## 查看已添加的channels
conda config --remove channels ~~~ ##删除频道
conda update conda ## 更新conda软件
conda remove 软件名 ## 删除指定软件
conda update 软件名 ## 更新指定软件
conda list ## 查看已经安装软件
conda config --remove channels ~~~

source activate python=2.7
source deactivate

作者:Dawn_WangTP
链接:https://www.jianshu.com/p/9c2bf27c3921
来源:简书
著作权归作者所有。商业转载请联系作者获得授权,非商业转载请注明出处。

相关文章

网友评论

      本文标题:利用Conda来安装软件

      本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/tdoiqhtx.html