R语言-BSgenome包-全基因组数据

简介

Bioconductor提供了某些物种的全基因组序列数据包，这些数据包是基于Biostrings构建的，称为BSgenome数据包。BSgenome数据包内包含的序列为DNAString，DNAStringSet或MaskedDNAString对象。使用Biostrings包处理数据包。

安装查看

# 安装
BiocManager::install("BSgenome")
# 查看包含的BSgenome数据包
(aag <- available.genomes())
# 遭到果蝇的BSgenome数据包
dag <- aag %>% grep("Dmelanogaster",.)
aag[dag]
# 安装果蝇BSgenome数据包
BiocManager::install("BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6")

读取指定数据

library("BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6")
Dmelanogaster
BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6 #同上
# 数据包内的序列名称
seqnames(BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6)
seqinfo(BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6)