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常见的OrgDB包,方便对应物种注释

常见的OrgDB包,方便对应物种注释

作者: PhageNanoenzyme | 来源:发表于2021-01-23 00:49 被阅读0次

列举了19个OrgDB,物种对应的全基因组注释R包,方便根据EntreZ进行基因的注释分析等等

| 物种 | OrgDB |
| 按蚊(Anopheles) | org.Ag.eg.db |
| 拟南芥(Arabidopsis) | org.At.tair.db |
| 牛(Brovine) | org.Bt.eg.db |
| 蠕虫(Worm) | org.Ce.eg.db |
| 犬(Canine) | org.Cf.eg.db |
| 苍蝇(Fly) | org.Dm.eg.db |
| 斑马鱼(Zebrafish) | org.Dr.eg.db |
| 大肠杆菌 strain K12(E coli strain K12) | org.EcK12.eg.db |
| 大肠杆菌strain Sakai(E coli strain Sakai) | org.EcSakai.eg.db |
| 鸡(Chicken) | org.Gg.eg.db |
| 人(Humanm) | org.Hs.eg.db |
| 小鼠(Mouse) | org.Mm.eg.db |
| 恒河猴(Rhesus) | org.Mmu.eg.db |
| 疟原虫(Malaria) | org.Pf.plasmo.db |
| 黑猩猩(Chimp) | org.Pt.eg.db |
| 大鼠,褐家鼠(Rat) | org.Rn.eg.db |
| 酵母(Yeast) | org.Sc.sgd.db |
| 猪(Pig) | org.Ss.eg.db |
| 爪蟾(Xenopus) | org.Xl.eg.db |
| | |
| 注:全基因组注释,由EntreZ对应多个数据ID和信息 |

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