从jModelTest2到MrByes

作者: SnorkelingFan凡潜 | 来源:发表于2022-11-21 16:00 被阅读0次

注意选最佳模型参数时设置此值为3,否则得到的除1/2/6之外的nst值时,MrByes不接收


image.png

MrBayes 3 implements three main types of models; you select among those by setting the number of substitution types using lset nst to 1, 2, or 6. The widely used General Time Reversible (GTR) model has six substitution types (lset nst=6 ), one for each pair of nucleotides.

No valid match for argument "4"
      Invalid Nst argument
      Error when setting parameter "Nst" (2)
      There was an error on at least one processor
      The error occurred when reading char. 23-23 on line 207
         in the file 'infile.nex'
Set the number of substitution schemes (-s)
This flag sets the number of substitution schemes. 3 = JC/F81 K80/HKY SYM/GTR; 5 = JC/F81, K80/HKY, TrNef/TrN, TPM1/TPM1uf, SYM/GTR 7 = JC/F81, K80/HKY, TrNef/TrN, TPM1/TPM1uf, TIM1ef/TIM1, TVMef/TVM, SYM/GTR; 11 = all named models; 203 = All possible GTR submatrices

https://mrbayes.sourceforge.net/Help/lset.html

image.png

相关文章

  • 从jModelTest2到MrByes

    注意选最佳模型参数时设置此值为3,否则得到的除1/2/6之外的nst值时,MrByes不接收 MrBayes 3 ...

  • 从...到...

    湖南/車心居士 从母女到闺蜜 我望你成凤 你盼我超能 从咿呀到妙语 我诲你说话 你教我措辞 从蹒跚到健步 我引你走...

  • 从 ❤️ 到 👏

    最近 Medium 将其文章的喜欢 ❤️ 机制改成了 鼓掌 ? 机制。喜欢机制,让你表达对文章喜欢与否,点一下就...

  • 从“?”到“!”(A)

    题记: 智者说:与人相争, 你输了是输,赢了也是输。 喝了二两酒的字有些晕头昏脑, 夸称...

  • 从α到ω

    from alpha to omega 南方没冬天,不热便是春天。 就是环境好,石上青苔最好看。 相比之下更喜欢北...

  • 从……到……

    前两天,写了一篇《从“做后记”到“心语天地”》,今天又和学生一起复习《从百草园到三味书屋》。蓦然发现,从……到……...

  • 从……到……

    从向往城市 到在城市里寻找农村 从喜欢热闹 到喜欢看热闹 从我们的父辈 到我们的下一代 从回不去的农村 到离不开的...

  • 从《从0到1》到《从优秀到卓越》

    最近迷上了看HBO的《硅谷》,和男朋友一起一口气刷了四季,在豆瓣上挨季给它打五星,顺便刷剧评,结果有一篇剧评讲到《...

  • 从已知到未知 ——从DFM到DFx到DFSC

    从已知到未知 ——从DFM到DFx到DFSC 现在搞供应链的都在说DFSC(面向供应链的设计),可DFSC到底是啥...

  • 从山野到城市,从康定到成都

    1、康定 听《康定情歌》,你会联想到什么?是高山草场,还是蓝天白云?是粗犷豪放的康巴汉子,还是那美丽大胆的藏族姑娘...

网友评论

    本文标题:从jModelTest2到MrByes

    本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/telnxdtx.html