美文网首页系统发育与进化分析
Dendroscope 超大型进化树可视化探索 | 生信分析常用

Dendroscope 超大型进化树可视化探索 | 生信分析常用

作者: 生信石头 | 来源:发表于2023-05-07 15:55 被阅读0次

有时候,我们会拿到一棵「很大很大的」树,比如可能有几千个节点。或者说,几千个蛋白序列推断出来的进化树。对于这类巨大树,可视化比较麻烦,探索上也麻烦。
那么可以使用Dendroscope这款软件,其会基于文本多少自动显示可以显示的数目。

Dendroscope 的安装与配置

Dendroscope有不同平台的安装器,相关文件已上传过到公共仓库,请自行下载。


进入Dendroscope文件夹

选择合适的安装器即可

双击安装器即可开始安装(实际上这款软件也是 Java 写的)

推荐一切按照默认参数安装


至于内存大小设置,设置大一点,没问题

运行时内存是自动分配的,所以这个其实是一个最高可占用内存。
安装完成即可打开

Dendroscpe 的使用

使用 Dendroscope 跟使用 Figtree 类似,不过 Dendroscpe 功能更为丰富。我甚至认为其在进化树操作上,是目前最全面的。



直接从 File 菜单导入进化树文件



显示出来的进化树,可以看到,似乎是不全。但这只是方便可视化。

我们直接滚轮放大即可



其余操作确实是多,甚至包括提取子树等等。不做赘述。感兴趣的朋友可以自行摸索。

写在最后

Dendroscope 其实是一个非常强大的软件,他的强大在于基因。如果有留意软件官网,那么就会发现,另外几款强大生信软件都来自于这个研究组,比如 diamond。
至于共享软件仓库,请参考

https://tbtools.cowtransfer.com/s/97e50e9f762d44

相关文章

  • 使用pyGenomeTracks可视化hi-c数据

    欢迎关注”生信修炼手册”! 可视化是数据分析中非常重要的一个环节,对于NGS分析数据的可视化,最常用的就是各种基因...

  • 蛋白保守结构域和进化树

    常规的MEME和进化树可视化,以及其它基因结构/注释信息结合进化树可视化,TBtools已经做的很好https:/...

  • 深入浅出介绍聚类分析

    作者:麦茬道审稿:童蒙编辑:amethyst 聚类分析是生信分析中常用的工具,在转录组分析中经常用到。聚类分析将表...

  • 无监督学习 - 降维 - PCA

    主成分分析 - PCA PCA是最常用的一种降维方法,通常用于高维数据集的探索与可视化,还可以用作数据压缩和预处理...

  • 四种建树方法比较

    标签:生信分析,系统发育,进化树 邻接法(NJ法),最大似然法(ML法),贝叶斯法(BI法)是目前主流的建树方法,...

  • RaxML使用手册

    标签:生信分析,系统发育,进化树 RaxML是最大似然法(ML法)建树的经典软件,可以建有根树,支持服务器上多...

  • RaxML使用手册

    标签:生信分析,系统发育,进化树 RaxML是最大似然法(ML法)建树的经典软件,可以建有根树,支持服务器上多线程...

  • 可视化:圆形进化树

      系统进化树(dendrogram ),一个用来展示亲缘关系的树状图解可视化方法。最常规的进化树大家应该不陌生,...

  • RNA-seq 详细教程:可视化(12)

    学习内容 了解如何为可视化准备数据 了解如果利用可视化来探索分析结果 火山图可视化 热图可视化 可视化结果 当我们...

  • R语言ggplot2作图如何去掉图例中的NA

    遇到这个问题是在使用ggtree可视化展示进化树的时候,我想给进化树的枝分组映射颜色 第一步是准备进化树文件 第二...

网友评论

    本文标题:Dendroscope 超大型进化树可视化探索 | 生信分析常用

    本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/afahsdtx.html