有时候,我们会拿到一棵「很大很大的」树,比如可能有几千个节点。或者说,几千个蛋白序列推断出来的进化树。对于这类巨大树,可视化比较麻烦,探索上也麻烦。
那么可以使用Dendroscope
这款软件,其会基于文本多少自动显示可以显示的数目。
Dendroscope 的安装与配置
Dendroscope有不同平台的安装器,相关文件已上传过到公共仓库,请自行下载。
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/fb5e4eacd605b487.png)
进入
Dendroscope
文件夹![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/12abf7589b7ff00b.png)
选择合适的安装器即可
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/8844f2ba38585411.png)
双击安装器即可开始安装(实际上这款软件也是 Java 写的)
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/01003bd6f2a3ed5c.png)
推荐一切按照默认参数安装
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/d2099c3d9fae124b.png)
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/4fdb22249ff2bbb4.png)
至于内存大小设置,设置大一点,没问题
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/6ae0afc35aa15cef.png)
运行时内存是自动分配的,所以这个其实是一个最高可占用内存。
安装完成即可打开
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/a53b0b582ab557e9.png)
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/063545cb0c96e81e.png)
Dendroscpe 的使用
使用 Dendroscope 跟使用 Figtree 类似,不过 Dendroscpe 功能更为丰富。我甚至认为其在进化树操作上,是目前最全面的。
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/ea4ccabaa21f42ef.png)
直接从 File 菜单导入进化树文件
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/9ad89e548ac01003.png)
显示出来的进化树,可以看到,似乎是不全。但这只是方便可视化。
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/1d641141b1c2d780.png)
我们直接滚轮放大即可
![](https://img.haomeiwen.com/i10518391/2465830f17b48b3b.png)
其余操作确实是多,甚至包括提取子树等等。不做赘述。感兴趣的朋友可以自行摸索。
写在最后
Dendroscope 其实是一个非常强大的软件,他的强大在于基因。如果有留意软件官网,那么就会发现,另外几款强大生信软件都来自于这个研究组,比如 diamond。
至于共享软件仓库,请参考
https://tbtools.cowtransfer.com/s/97e50e9f762d44
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