1912年5月3日，京师大学堂更名为北京大学，严复出任首任校长。1914到1916胡仁源任第二任校长。他们，都是杰出的，废科举后中国真正意义的现大学，经过学人和仁人志士的努力，中华民国初期1912到1916，呈现了现代教育理念的大学！
蔡元培1916年12月正式出任北京大学校长，是现代教育理念的北京大学第三任校长，1927年孙中山北伐，蔡元培辞工校长职务，开始担任中华民国教育部长！
蔡元培时期，1912年到1927年，是中国社会各界各阶层公认的北京大学辉煌时期，奠定了北京大学的传统和精神。
蔡元培推行教授治校，民主管理的制度。“至1920年9月，北京大学教授治校的管理体制已经基本成熟。蔡元培倡导教育独立，认为官僚政客不应干涉教育，“我绝对不能再做不自由的大学校长”，为此几次辞去北京大学校长职务。”
“蔡元培积极开展学术交流，邀请杜威、罗素、班乐卫、普朗克等名家到北大讲学。”
民国初年，从晚清向现代社会过渡，封建社会的思潮，西方的思潮，新文化革命的思潮在中华民国激荡，有时候谁也说服不了谁，思想辨论是很激励的。思想的起源，来源于对现实的思考，来源于激荡的社会，有激进，有卫道，有保守，有不温不火的中立。而思考的人，多以学人志士居多，学人一般在智库或学校，也有游荡人间的落迫穷困学人。1912年始到1927年的北京大学，尤其是1916年起，北京大学学人激起了废封建社会后的社会波涛。
不安分的北京大学教师陈独秀，李大钊，胡适，鲁迅，罗家伦，更是推动了新的文化革命，活跃阵地是北京大学，宣传阵地是《新青年》。
这些学人，是杀的旧文化，倡导新文化。胡适《文学改良刍议》，鲁迅《狂人日记》，等均充满战斗声。
有新文化革命，自然也有反新文化革命，严然革命派和被革命者互相批判斗争。新文化倡导的，必然是旧文化卫道的，1919年5月4日前后的中午民国，于政治上还末形成真正完全统一的国家，存在地方政客和军阀力量。于文化思想上，封建思想和西方思想，中西方思想交织激辨！
对于陈独秀，胡适，李大钊等的文化革命，1912年到1927年的中华民国，也有社会名人看不习惯，常常在各报章杂志论辨新文化的不足。新文化革命派也在自己的文化阵地回击，唇枪舌战之外，还有上纲上领的家国情怀，都护卫自己于国于家的出路的努力奋战！
林纾写信给北大校长蔡元培称："若尽废古书，行用土语为文字，则都下引车卖浆之徒所操之语，按之皆有文法"，"凡京津之稗贩，均可用为教授矣。"痛呈新文化运动的是是非非。
蔡元培校长收到林纾的信，蔡元培没有反驳林纾！
蔡元培校长回林纾信说：“至于弟在大学，则有两种主张：
（一）对于学说仿世界各大学通例，循思想自由原则，取兼容并包主义。……无论有何种学派，苟其言之成理，持之有故，尚不达自然淘汰之运命者，虽彼此相反，悉听其自由发展。
（二）对于教员，以学诣为主；……其在校外之言动，悉听自由，本校从不过问亦不能代负责任。……"
蔡元培对新文化和旧文化对抗，水火不容之势，蔡元培偏向进步的新文化主张。蔡元培在北京高等师范国文部演说，蔡元培提到“我们中国文言同拉丁文一样，所以我们不能不改用白话。……虽现在白话的组织不完全，可是我们决不可错了这个趋势。"蔡元培在北京女子高等师范演说，也提到“我敢断定白话派一定占优胜。……将来应用文一定全用白话；但美术或者有一部份仍用文言。"上面应辅证蔡元培是倾向革命派的。但蔡元培没有在回复新文化运动反对者林纾的信中反驳。提出了两种主张，这两种主张，一种是学说思想方面循思想自由原则，取兼容并包主义。另一种是对学术思想者的“对于教员，以学诣为主；……其在校外之言动，悉听自由，本校不过问亦不代负责任。"
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