目前应用最广泛的蛋白质组学分析方案是先将蛋白质进行分离，然后再消化和分析。这主要是基于二维凝胶电泳（2D SDS-PAGE）在蛋白质分离中的优越性。这种方法最大的一个优点是二维凝胶能够作为图像地图，让研究人员根据凝胶上斑点的模式变化来比较蛋白质的变化。有一些因素可能干扰对二维凝胶胶点图像的解析，然而，目前还没有其他技术能够提供更直观的蛋白质的 “快照”。因此，2D SDS-PAGE仍然是蛋白质组研究中最有效的分离技术。不过，对于丰度较低的蛋白质，二维凝胶就不太派得上用场了，因为很难观察到重要的蛋白质。在这种情况下，其他分离方法，特别是串联液相质谱，提供了可行性选择。
基于所有相关因素，表征蛋白质组最灵活、最全面的策略可能是多种方法的混合使用。下图描绘了一般流程。
蛋白质/多肽质谱鉴定的一般流程
在第一步中，首先通过制备性等电聚焦（IEF）、制备性一维凝胶电泳（1D SDS-PAGE）或高效液相色谱（HPLC）将蛋白质分离，然后，将从这些分离得到的部分进行酶消化，再将得到的蛋白质片段/肽段在引入质谱之前通过高效液相色谱进行分离。根据原始样品的复杂性或分析目标，HPLC分离可能选择单一分离模式（例如RP）或者串联液相色谱分离。这种通用方法的一个关键优势在于其整体灵活性和可适应不同实验室提供的仪器，另一个优点是，前端的蛋白质分离能够处理相对大量的蛋白质（大多数情况下是几毫克），从而提高了在终质谱分析中检测出低丰度肽组分的可能性。
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北京百泰派克生物科技采用高分辨率质谱平台技术，包括Thermo Fisher的Q Exactive质谱仪，LTQ Orbitrap Velos质谱仪，以及AB SCIEX的6500 Q TRAP质谱仪，结合 Nano-LC高通量液相色谱技术，能够对SDS-PAGE蛋白条带、2D蛋白胶点等样品中的蛋白质进行高效精准鉴定。胶条、胶点蛋白质谱鉴定服务可保证100%的鉴定率，可根据实验具体需求，提供基于1D SDS-PAGE或2D SDS-PAGE的蛋白分离服务。
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