如何安装OrthorFinder（直系同源基因）

安装OrthorFinder可用conda进行安装。

conda安装在虚拟机中进行安装。参考文章卖萌哥的conda的安装与使用（2019-6-28更新）https://www.jianshu.com/p/edaa744ea47d

conda分为anaconda和miniconda。anaconda是包含一些常用包的版本（这里的常用不代表你常用 微笑.jpg），miniconda则是精简版，需要啥装啥，所以推荐使用miniconda。

使用命令如下：

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #下载Miniconda3最新版本

chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #给执行权限

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #运行

进入Miniconda3/bin/activate

chmod 777 activate #给activate添加一下权限才能使用

. ./activate #这里的第一个点跟source是一样的效果，启动conda

conda config--add channels bioconda #添加频道bioconda、conda-forge、genomedk

conda config--add channels conda-forge

conda config--add channels genomedk

conda config--get channels #查看已经添加的channels

vim ~/.condarc 

miniconda安装完成，安装OrthorFinder

conda install orthorfinder

conda search  orthorfinder #搜索需要的安装包

which orthorfinder #查看该软件安装的位置

 OrthorFinder进行直系同源基因分析，参考文章https://zhuanlan.zhihu.com/p/82638669

orthofinder -f Dataset_ directory #OrthoFinder所需的输入数据很简单，把每个物种的蛋白序列放进单独的fasta文件中，然后把这些fasta文件放到一个目录下。fasta文件命名为对应的物种名。

生成结果如下：