📚郑宝童的简书文档规划-V1

先列出大纲，内容填充中，链接填充中，大纲也根据情况不定时更新

• 毕业论文相关word的技能-v1

• 生信分析数据下载篇

  • 生信分析数据下载篇①GEO 数据下载
    • 生信分析数据下载篇①GEO 数据下载之官网下
    • 生信分析数据下载篇①GEO 数据下载值sangerbox下
    • 生信分析数据下载篇①GEO 数据下载R包下
  • 生信分析数据下载篇②TCGA数据下载
    • 生信分析数据下载篇②TCGA数据下载之R包TCGAbiolink
    • 生信分析数据下载篇②TCGA数据下载之网站xx-ucsc firehose cbioportal
    • 生信分析数据下载篇②TCGA数据下载之小工具sangerbox
    • 生信分析数据下载篇②TCGA数据下载之R包UCSCXenaTools

• 生信分析数据预处理篇

  • 探针注释基因（GEO数据 R包/R代码）
  • 探针注释基因（TCGA：sangerbox/R包）

• 生信分析差异分析篇

  • FC
    • 倍数法（Fold change）R代码实现
  • T-test
  • sam
  • rp
  • rc

• 生信分析之富集篇

  • go 富集
    • DAVID
    • clusterprofiler
    • bingo
    • 其他R包
    • WebGestalt
    • GOstats
  • kegg富集
    • DAVID
    • clusterprofiler
    • KOBAS
    • WebGestalt

• gsea

  • clusterprofiler
  • 官方软件

• gsva

  • GSVA: gene set variation analysis for microarray and RNA-Seq data

• 富集整合clusterprofiler详细介绍

• 生信分析之聚类方法

  • 距离测度？
  • 一致性聚类ConsensusClusterPlus
  • 层次聚类
  • kmeans?
  • ...

• 生信分析之生存分析篇

  • 生存数据
  • cox单因素
  • cox多因素
  • 生存曲线
  • logrank

• 生信分析之可视化篇

  • 火山图
  • 箱式图
  • 点图
  • ggplot
  • 小提琴图
  • ...
  • 互作网络绘制
  • cytoscape介绍
  • z-scorebarplot
  • 更多可视化文章:请访问生信可视化专题:https://www.jianshu.com/c/5ffe0f7e0561

• 生信分析之bioconductor流程

  • 十几个流程翻译

• 生信分析之子通路识别

  • esea
  • 思瑶师姐提到的几篇文章
  • MiRSEA identify the pathways regulated by dysfunctional miRNAs
  • LncRNA2PATHWAY
  • Inference of patient-specific subpathway activities reveals a functional signature associated with the prognosis of patients�with breast cancer
  • 【ICDS:】Identification of cancer dysfunctional subpathway by integrating DNA-methylation, copy number variation, and gene-expression data
  • R包ICDS使用简介

• 生信基础知识之标准化问题

  • 批次效应的概念
  • 标准化RMA算法、MAS5.0算法、dChip算法、LVS算法
  • 1.标准化①基因表达谱数据标准化问题(RMA算法、MAS5.0算法、dChip算法、LVS算法)
  • 2.标准化②甲基化数据标准化问题（Quantile算法、Lowess算法）
  • 3.标准化③拷贝数数据标准化问题
  • 4.标准化④各大标准化方法的R代码实现

• 生信基础知识

  • 1. 生物信息z-score解析

• NGS？

  • rnaseq
  • chipseq
  • ...

• GATX4

• samtool....

• 生信分析之学习资料

  • 教程分享
  • 一些在线的生信教程搜集
    • 技能树B站视频
    • 创想知道生信课
    • 基因课
    • 生信自学网
    • 陈同-生信课堂
    • 生信人课堂
    • 生信技能树
  • 一些百度网盘上的资源
  • 一些博客网站
  • 一些简书作者
    • 柳叶刀与小鼠标
    • 生信技能树
    • 王诗翔
    • 生信札记
    • 思考问题的熊
    • 生信宝典
    • eason
    • hoptop
    • 卖萌哥
    • 二货潜
    • 生信杂谈
    • 科研猫
    • 小郑的学习笔记
    • 春卷
    • 沈梦圆
    • 庐州月光
    • Dawn_天鹏
    • tanyan
  • 一些论坛网站
  • 一些公众号
  • 一些知识星球
  • 一些知乎专栏

• 生信效率神器

  • everything
    • Everything
  • zotero
    • 附上使用教程
  • endnote
    • 附上使用教程
  • clover
    • clover
  • 为知笔记
    • 附上链接简介
  • 幕布
    • 幕布-写笔记、思维整理、内容创作、任务管理神器

• 思维导图神器

  • xmind
  • mind manager
  • 百度脑图
  • freemind
  • 亿图

• 流程图神器

  • 亿图
  • visio

• 远程控制

  • 向日葵
  • teamviewer

• 神器级小工具：

  • [网站]免费文献搜索与电子书搜索下载
  • 神器级浏览器插件类
    • Octotree
      • Octotree：树形展示 Github 项目代码
    • Smart TOC
      • [浏览器插件]Smart TOC-自动为你的网上阅读附上目录

• 获取一些公众号授权:专门把一些系列教程链接整合起来

• 哈医派系的数据库集合(数据库数目>30,正在搜集中)

  • 1-4.哈医数据库①Lnc2Cancer、Lnc2Meth、LncACTdb、MSDD
  • 5-7.哈医数据库②miRSponge、Co-LncRNA、FACER
  • 8-9.哈医数据库③LncMAP、LNCat
  • 10-11. 哈医数据库④CellMarker、GPA
  • 12-13. 哈医数据库⑤TIP、SEECancer
  • 1-13.哈医数据库①-⑤小结Lnc2Cancer、Lnc2Meth、LncACTdb、Co-LncRNA、Lncmap、LncCat等数据库
  • 14-15. 哈医数据库⑥LnChrom、DiseaseEnhancer
  • 16-17. 哈医数据库⑦miRNA targets、NSDNA
  • 18-19. 哈医数据库⑧Ubetis-LncDB、LincSNP
  • 20-21. 哈医大数据库⑨LncRNA Ontology、BioM2MetDisease
  • 22-23. 哈医大数据库⑩CRADIO-LNCRNAS、IndividualizedPath
  • 24-25. 哈医数据库①①cardio_ncrna、lncSubpathway
  • 26. 哈医数据库①②HCOC
  • 27-32. [哈医数据①③FAM、CHG、medic、ncRi、LncMad、MetpriCNet、ncdr](https://www.jianshu.com/p/8bd4d766bc68
  • 14-32. 哈医数据库⑥-①③小结LnChrom、Ubetis-LncDB、LincSNP、LncRNA Ontology、CRADIO-LNCRNAS、LncSubpathway等
  • 4.学习其中几个框架，尝试让自己有建库实力

• Linux三大件awk sed grep

  • awk
  • sed
  • grep

• Rshiny

• rmarkdown

• rnotebook

• jupyter

• conda

• weka

• docker

• pipeline

• github

• 生信热点技术

  • cibersort
    • 用R执行cibersort，根据组织的基因表达谱获取细胞的百分比
    • 若想查看更为详细的初学教程:含数据下载，预处理，cibersort完整流程可以参看生信小白荼茶的【CIBERSORT】超详细，从数据下载到数据分析（初学者笔记）
  • 互斥共发生
  • discover

• r包开发技术

  • 《R包开发》读书笔记

• 报错解决类

  • 1.报错解决①EOF within quoted string
  • 2.报错解决②：replacing previous import ‘graphite::edges’ by ‘igraph::edges’ when loading ‘xxx包’
  • 3.报错解决③There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50)
  • 4.报错解决④Error in matrix non-numeric matrix extent
  • 5.报错解决⑤Error in matrix non-numeric matrix extent

• 给生信技能树生信菜鸟团等做一个安卓app？

• 文献阅读-做到对文章方法流程的基本了解，不要求达到复现程度

  • 1.DSEA:Drug-set enrichment analysis: a novel tool to investigate drug mode of action
  • 2.【ICDS:】Identification of cancer dysfunctional subpathway by integrating DNA-methylation, copy number variation, and gene-expression data
  • 3.Correlation of Somatic Mutation and Expression Identifies Genes Important in Human Glioblastoma Progression and Survival
  • 4.

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to do list

• 设计一个已完成符号用于区分大纲中已完成和未完成的文章
• 日书千字计划,起步比较难可以先把目标定在200字，后期逐步提到千字

少一点功利主义的追求，多一点不为什么的坚持--from朱伟老师
别让二十多岁的年纪虚度-自勉

• 生信婚恋圈搭建（付费加入）
  • 什么？生信婚恋圈上线了！
• 生信网址导航搭建
  • 已完成初稿，待美化UI投递github绑定域名
  • [网站]生信客部落导航-基础版上线了！！！
• 生信版知乎搭建（底层使用wecenter）
  • 已完成大部分，待完成，域名备案，推广等
• 后期计划：录制视频？（免费观看）
  • 参考前面列的大纲录制几期视频？
• 培养起粉丝群，把自己强化到生信cto程度？
• 以上内容同步到生信客部落公众号？
• 是否创建一个生信分析的接单投单兼职平台，用于服务非生信组织的部分生信分析服务（绘图，分析代码等）
• 感受
  • 那些年在生信路上所经历的彷徨-写于2016年
  • 如对生信的理解
  • 对一些大牛的感谢
  • 对...
• 设计一个R code模板（代码function化）
  • 包含信息：标题、日期、作者、输入、输出、参数解释、函数功能