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KEGG富集分析—柱形图,气泡图,通路图

KEGG富集分析—柱形图,气泡图,通路图

作者: 生信交流平台 | 来源:发表于2021-06-30 21:28 被阅读0次

    前面给大家介绍过如何用一些简单易用的网页工具去做GO和KEGG富集分析

    富集分析DAVID、Metascape、Enrichr、ClueGO

    比DAVID强一万倍的基因注释工具

    GO,KEGG富集分析工具——DAVID

    也给大家介绍过如何用R做GO富集分析和结果可视化,以及如何将富集结果中的gene ID转成基因名字

    GO富集分析四种风格展示结果—柱形图,气泡图

    GO和KEGG富集结果如何显示基因symbol

    还有计算富集倍数的三种方法

    GO和KEGG富集倍数(Fold Enrichment)如何计算

    今天小编就接着来聊一聊如何用R做KEGG富集分析,并展示柱形图,气泡图和通路图。KEGG富集分析的结果相对于GO富集分析来说,要简单一些,不会再分成更多的类别。KEGG的富集结果就只有一个类别,所以展示起来也相对容易一些。

    柱形图

    气泡图

    KEGG通路图

    pdf格式,矢量图,红色基因上调,绿色基因下调

    png位图,KEGG官网样式的通路图,但是只能导出为png格式,很多杂志是不接受png格式图片的。但是小编确实在SCI杂志文章中看到过这种样式的图片。所以这个要看具体杂志的要求了,或者可以去做一些格式转换。

    我们还能批量的导出KEGG富集分析结果中,最显著的前10个通路的通路图

    完整的GO/KEGG富集分析及绘图代码的视频讲解

    KEGG富集分析—柱形图,气泡图,通路图

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