使用Circos画图，需要有大量的配置信息。将全部信息写进一个文件会使得文件过于复杂，修改起来也不方便，Circos可以将配置信息写入不同的文件中，使用<<include xxx.conf>>进行调用。今天和大家分享下如何利用该模块设置图形的刻度。
上一步做了一个最基本的circos，后面在此基础上美化。

一：配色

1.打开karyotype.txt文件修改最后一列
2.直接在circos.conf中的karyotype.txt后面加上如下：

chromosomes_color =chr1=rdylbu-11-div-1,chr2=rdylbu-11-div-3,chr3=rdylbu-11-div-5,chr4=rdylbu-11-div-7,chr5=rdylbu-11-div-9

Circos官方教程总结了他们已经定义的颜色，http://circos.ca/documentation/tutorials/configuration/colors/images。如果对颜色不满意，还可以自己定义颜色，http://colorbrewer2.org

二：显示标签

默认输出图片是没有染色体名字的标签，需要在 <ideogram>里添加和 label有关的参数

  1 karyotype=karyotype.txt
  2 chromosomes_units = 100000
  3 chromosomes_display_default = yes
  4 <ideogram>
  5 <spacing>
  6 default = 0.005r
  7 </spacing>
  8 radius           = 0.80r
  9 thickness        = 6p
 10 fill             = yes
 11 stroke_color     = dgrey
 12 stroke_thickness = 2p
 13 show_label = yes
 14 label_font = default
 15 label_radius = dims(ideogram,radius) + 0.05r
 16 label_size = 46
 17 label_parallel = yes
 18 label_fromat = eval(sprintf("%s",var(chr)))
 19 </ideogram>
 20 
 21 <image>
 22 <<include etc/image.conf>>
 23 </image>
 24 
 25 <<include etc/colors_fonts_patterns.conf>>
 26 <<include etc/housekeeping.conf>>

标签

三：输出设置

默认情况下，输出图片的 半径是1500p, 所以设置的 label_size=16就会显得特别小。我们可以在配置文件中调整图片的半径，以及其他设置。

  1 karyotype=karyotype.txt
  2 chromosomes_units = 100000
  3 chromosomes_display_default = yes
  4 <ideogram>
  5 <spacing>
  6 default = 0.005r
  7 </spacing>
  8 radius           = 0.80r
  9 thickness        = 6p
 10 fill             = yes
 11 stroke_color     = dgrey
 12 stroke_thickness = 2p
 13 show_label = yes
 14 label_font = default
 15 label_radius = dims(ideogram,radius) + 0.05r
 16 label_size = 46
 17 label_parallel = yes
 18 label_fromat = eval(sprintf("%s",var(chr)))
 19 </ideogram>
 20 
 21 <image>
 22 dir* = .
 23 radius* = 500p
 24 <<include etc/image.conf>>
 25 </image>
 26 
 27 <<include etc/colors_fonts_patterns.conf>>
 28 <<include etc/housekeeping.conf>>

注: 在参数后加一个 表示覆盖已有的设置，比如说 svg=no就是覆盖已有的 svg=yes。

image.png

四：刻度(ticks)

大部分的circos还会有刻度来展示染色体的大小。由于ticks的定制比较复杂，所以一般会单独搞一个配置文件， 可以将该部分写入ticks.conf ，在主conf文件中使用<<include ticks.conf>>调用。

show_tick_labels=yes  #是否显示刻度标签
show_ticks=yes    #是否显示刻度
<ticks>
    color=black  #刻度线颜色
    multiplier=1e-6 #刻度标签显示值的计算，显示刻度的位置对应该值的大小
    radius=1r    #显示位置
    thickness=2p #刻度线厚度
    ##设置每5u的刻度并进行细节设置
    <tick>
        size=10p #刻度线大小
        spacing=5u #每5个单元长度出现一个刻度
    </tick>
   ##设置每10u的刻度并进行细节设置
    <tick>
        color=black #刻度线颜色
        format=%d #标签数字格式，%d表示整数，%f浮点数
        label_offset=10p #标签和刻度之间的距离
        label_size=25p   #标签大小
        show_label=yes  #显示标签，标签值需按照multiplier计算
        size=15p
        spacing=10u  #每10u出现一个刻度
        thickness=4p
    </tick>
</ticks>

实在不行就加载circos.conf中，如下：

karyotype=karyotype.txt
chromosomes_units = 100000
chromosomes_display_default = yes
<ideogram>
<spacing>
default = 0.005r
</spacing>
radius           = 0.80r
thickness        = 6p
fill             = yes
stroke_color     = dgrey
stroke_thickness = 2p
show_label = yes
label_font = default
label_radius = dims(ideogram,radius) + 0.05r
label_size = 46
label_parallel = yes
label_fromat = eval(sprintf("%s",var(chr)))
</ideogram>

show_ticks_labels = yes
show_ticks = yes
<ticks>
color = black
multiplier = 1e-6
radius = 1r
thickness = 2p

<tick>
size = 10p
spacing = 5u
</tick>

<tick>
color = black
format = %d
label_offset = 10p
label_size = 25p
show_label = yes
size = 15p
spacing = 10u
thickness = 4p
</tick>
</ticks>


<image>
dir* = .
radius* = 500p
<<include etc/image.conf>>
</image>

<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>>
<<include etc/housekeeping.conf>>

刻度