Ballgown备忘

#bash 脚本创建所有样本信息到ballgown文件夹
for i in {3784916,3784934,3784995,3785000,3785010,3785023,3785024,3785063,3785089,3785093,3785115,3785116,3785165,3785169,3785170,3785181,3785250,3785258};
do
#【/t/a/m/a/t/o】居然是简书的敏感词，也是醉了！只能用番茄代替
stringtie -e -B -p 8 -G result/fanqie-merged.gtf -o ballgown/SRR${i}/SRR${i}_chrX.gtf SRR${i}.1.sort.bam
done
#deseq2分析前处理数据
wget http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/dl/prepDE.py
python prepDE.py

上述命令生成下面两个文件

image.png

$\color{red}{个人感觉可以不使用Stringtie-merge的gtf，因为会有部分转录本geneid和原有注释的基因名不一样，不关心新转录本的情况下可以使用固定注释，有时间试一试}$

Stringtie+deseq2分析转录组备忘
Ballgown备忘上述命令生成下面两个文件
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