生物信息的Linux

生物信息分析的操作系统最流行莫过于Linux操作系统。原因有三点：长期运行的稳定性；很多软件只有Linux版本；强大的Bash命令简化重复性工作。上述三点原因会在你入行生物信息后逐渐浮现(believe me)。

——本人使用的Linux操作系统为Ubuntu

1.长期运行的稳定性

使用过Windows系统可能知道，Windows很容易崩溃，而且一旦崩溃，可能导致系统核心受损、文件丢失等。相比较而言，Linux系统就十分稳定。

2.很多软件只有Linux版本

许多生物信息软件只有Linux版本，而且只能使用命令行运行，就好像很多游戏(LOL、CSGO等)只能在Windows运行，因此想深入学习生物信息必须且只能学好Linux系统，加油吧！

3.强大的Bash命令

3.1文本文件的日常操作

文件垂直翻转(第一行、最后一行对调): tac

文件水平翻转(第一列、最后一列对调): rev

创建新文件: touch new.txt

编辑文件(可视化): gedit res.txt

编辑文件(命令行): vim res.txt --> 按i+enter进入编辑模式 --> 按esc退出编辑模式 --> 按:wq退出并保存文件

创建文件软链接(节省空间): ln -s source_file target_address

统计文本行数: cat res.txt | wc -l

统计含某字符串行数: cat res.txt | grep -w "word" | wc -l

获得重复的行: sort res.txt | uniq -d

获得每行重复的次数: sort res.txt | uniq -c

文件排序(详情请看man sort): sort res.txt

监测命令运行时间: time command

3.2批量运行的脚本

3.3查看系统状态

系统监视器: gnome-system-monitor

强制终止程序的执行并结束进程: ctrl + c

中断任务的执行并放入进程中维持挂起: ctrl + z

查看历史命令: history

3.4配置环境变量

gedit .bashrc 修改home/user的环境变量 然后source .bashrc