学习目的:用linux安装软件
1. 了解conda
- conda是linux环境下的软件下载器,就相当于我们的app store。可以满足我们的日常软件的下载使用需求。
- miniconda windows 64位安装包大小为51.4 Mb,只包含了conda、python、和一些必备的软件工具
- anaconda windows 64位安装包大小为462 Mb,是miniconda的扩展,包含了数据科学和机器学习要用到的很多软件。
2. 安装miniconda的操作步骤
-
找到conda的镜像网站
-
找到miniconda的下载地址
-
我们看到linux系统下的miniconda有两种版本:64-bit(x86_64)、32-bit(x86)两种版本
-
接下来,查看服务器是多少位的:输入命令 uname -a
- 将脚本保存下来
wget + 你复制的网址
正在保存miniconda脚本
sh是脚本(就是一个程序,后台的代码)文件的后缀,也就是说其实这是一个下载的脚本,如果你安装失败了,这个脚本是不需要重新下载的,还是可以用的。
-
安装miniconda
bash +你保存的脚本
正在安装miniconda
安装成功 -
激活miniconda
source ~/.bashrc
未激活会报错 激活后能运行了
3. 添加镜像内容
- 什么是镜像?
所谓镜像,就是从主站把所有内容复制到镜像站。任何人愿意都可以复制到自己的电脑/服务器,生成一个镜像。一些主要的镜像被收录在镜像页,方便大家查找离自己近的镜像下载。很多国家都有本地的CRAN镜像,很多国家(比如中国)有很多CRAN镜像。(CRAN全称Comprehensive R Archive Network,主站在澳大利亚。 -
添加镜像
添加镜像的代码
4. 使用conda
-
查看当前所有软件列表 conda list
软件列表(部分) -
在conda内搜索软件:conda search ###
conda search fastqc 【这里以数据质控软件fastqc为例】
正在搜索 - 安装软件:安装软件 conda install fastqc -y 【加上-y是自动安装】
安装成功默认安装最新版本,但是有的软件新版本bug比较多,可能需要用到老版本
如果要指定版本号,可以conda install fastqc=0.11.7 -
-
卸载软件 conda remove fastqc -y
卸载软件
5. conda环境
- 什么是conda environment?
生信实战中,需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件,另外软件之间的结合也是需要版本要求的,比如A项目你需要用a软件V 1.0版本,但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本,怎么办?办法就是分身,按照你的项目,定制不同的分身,安装不同的软件,互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。
-
conda info --envs :查看当前的conda环境
带星号的是默认环境 -
实战:处理转录组数据环境处理
1)建立一个RNAseq的conda环境,指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic(这两个可以一步完成)
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
2)查看环境
3)激活rnaseq环境:conda activate rna-seq
网友评论