Orthofinder聚类

作者: V_b986 | 来源:发表于2022-10-11 19:24 被阅读0次

Orthofinder聚类
基因家族聚类之OrthoFinder
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Clustering
数据分析方法，寻找规律的第一步，聚类分析法！第1辑
谱聚类算法总结

准备号含有所有蛋白序列的文件夹

orthofinder  -f 绝对路径/data.pro \
          -S diamond \
          -M msa \
          -T fasttree \
          -t 60

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一个不错的软件，名叫siLix，核酸、蛋白进行聚类，和orthofinder等软件类似。软件网址：http://...
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寻找同源蛋白家族用的比较多的是Orthomcl，但是该软件多年前已经停止更新，且使用的时候需要安装和使用M...
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输入数据下载蛋白数据，提取最长转录本（可利用TBtools中的Fasta Get Representive） Or...
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1.软件安装： 2.运行示例数据： 3.结果文件： 4.软件细节： 5.一些重要概念：参考： 01 「基因组学」...
聚类：原型聚类、层次聚类、密度聚类
首先介绍三种类型的聚类方法：原型聚类：假设聚类结构能够通过一组原型求解。通常算法先对原型进行初始化，然后进行迭代...
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本文结构安排经典聚类算法：线性聚类 Kmeans 经典聚类算法：非线性聚类 DBSCAN、谱聚类新兴聚类算法：...
数据分析方法，寻找规律的第一步，聚类分析法！第1辑
聚类——寻找规律的第一步聚类的基本逻辑聚类的因子和主成分聚类的步骤有序聚类与时间序列聚类什么是聚类？聚类...
谱聚类算法总结
聚类三种方法：k-means聚类、密度聚类、层次聚类和谱聚类Spectrum Clustering 简述谱聚类是...