写在前面
今天我又更新了 TBtools。不过整体上是一些小的优化。并不值得长篇大论。当然，这主要是我“水”的能力还不够。正好出门在外，不想干活，那就看一下一些 paper。忽然想起了之前有一篇使用 TBtools 出图，出来的图片质量明显超越我的文稿。此处先放置一个文稿中的图片。
我相信，只要不是天天发 Top 期刊的科研人员，看到这张图，多少会觉得眼前一亮。因为看起来确实有趣。
我是不经意间看到这个图片。这个文稿应属于引用 TBtools 在 Molecular Plant 上文稿的第一批。这部分文稿，多半是文章已经在 Proof 阶段，临时调整了引用。（换句话说，老铁用户）。尽管如此，我看到图片，转发朋友圈，却也完全没意识到是认识了许久的老铁的文稿。“黑暗大邪神”是他的网络 ID。了解我的人，应该清楚，其实我很不擅长记住别人的实名，相反，个性化的网络 ID 我可以记得非常清晰。当然，我相信他不会怪我。对他感兴趣的，可以关注他的公众号《植物病毒与抗逆研究》。
文稿概况
回到主题，今天解读大邪神的文稿《Fasciclin-like arabinogalactan gene family in Nicotiana benthamiana: genome-wide identification, classification and expression in response to pathogens》
文稿发表在 BMC Plant Biology, JCR Q1; 中科大类: 生物2区; 中科小类: 植物科学2区。IF = 3.497，应属于家族鉴定类工作较好的归宿。
看看都做了啥
- Identification of members of the NbFLA family 家族成员的鉴定路基和基本理化性质，如蛋白分子量等分析
- Phylogenetic analysis and multiple sequence alignment of NbFLAs 多序列比对后进行进化分析与家族特有保守位点分析
- Analysis of the structural and conserved motifs of NbFLAs 基因结构和保守 Motifs 分析
- Prediction of cis-acting elements and transcription factors among the NbFLAs 启动子的顺式作用元件分析与可能的转录因子结合位点分析
- Subcellular localization analysis of NbFLAs 亚细胞定位实验
- Tissue-specific expression of NbFLAs 组织特异性表达分析
- Expression of NbFLAs under biotic stress 生物胁迫下家族成员表达分析
整体上与之前大白菜的工作有类似之处，属于中规中矩的家族鉴定类文稿。这份工作的新颖点之一，或许是
Although FLAs have multiple roles in plant growth and development, very little is known about any involvement they may have in response to pathogens.
简而言之，基因还是那个基因，家族还是那个家族，但是他们在病原响应上的表现没人搞过。
===== 20200728 临时有事出门 =====
===== 20200729 一天就这么过去了，回来继续写 ======
事实上，我觉得，家族分析类工作，发表在 BMC Plant Biology 或者 BMC Genomic 等，应算是不错的归宿。上述故事点当然是这一文稿得以发表的原因之一；如果还要说另外有一定贡献的，那必然是这一文稿中的图片。
图片解读
整体上，我觉得这一文稿的 图片制备 属于精良，配色也契合主题。以下，以图片为主线，也看看作者们都做了啥。
首先，作者放了一个表，表中主要记录家族成员的基本信息，如 ID ，序列长度 等；表格满分 100 ，我觉得没什么好挑的，信息全面。可看到最后一列其实是做了一些预测工作。
家族成员基因树（本氏烟与拟南芥），主要进行分支确定。这一结果往往可以用于功能推断（未详细阅读文稿，这属于我个人想法）。这一进化树图稿，80分 吧。我觉得美观上可以继续提升。当然是否有价值就不好说。此外，其实基因树往往都是无根树。有时候，不要过于执着用有根树的可视化方式来可视化。或许这一结果，用无根树来可视化会更好（这属于个人项目经验，如果你看到这里，或许对你来说是赚到的，因为项目经验并不是每个人都有或者愿意分享；更多人只会告诉你怎么跑流程（入门），不会教你怎么做得更好（进阶））
家族成员蛋白多序列比对结果。这一分析往往有两个作用：
- 查看已知家族保守位点是否存在
- 查看是否有新的保守位点（存在一个传言，曾经有一个大佬直接看多序列比对结果，选了一个位点，最后验证出来是关键突变.....具体细节忘记了）
这一图稿，可以打 90 分。我自认为这些位点查找还是比较麻烦的。要求作者对这一家族有基本的了解，随后呢...在多序列比对中找到正确的问题。当然，为什么不是满分。很简单，至少保守区域完全可以加虚线框，做点透明蒙上，不是更好看吗？（哈哈，依旧是我个人审美偏好）。
进化树 + 基因结构 + Motifs 单图展示。这一结果有几个作用，包括但不仅限于家族鉴定结果的人工查看。可以说，我觉得这个图应该给个满分，所以继续打 90分。想打满分的原因是，我觉得似乎很少遇到有人的审美跟我的接近。其实渐变色可以让信息过多的图稿显得更为柔和。如果没有渐变色，那么这张图会具有过分的攻击性，看起来不会太舒服。然而这个并不是每个人都明白。那么为什么还是没有给满分。问题主要还是出现在基因结构图上。主要有两个值得优化的：
- 本氏烟基因组应不是高质量，基因注释应也可以进一步优化，其中两个有超长内含子的是否可能只是注释问题，需要确定。
- 如果有超长内含子，为了看清楚细节，还是要自己在TBtools出图之后，做坐标截断，内含子用两个短线，表示长度。
顺势作用元件，热图和结合位点模式图，看起来还可以。目测是手拼的。打满分 100。
转录因子调控家族成员网络图。这个图，目测是cytoscape之类的软件出的。具体基因与基因之间的关系，我翻了下文稿，使用北大的 PlantRegMap 进行预测。想想还是一个比较机智的做法。面前打 99 分。扣一分，因为我觉得这个网络图就只是网络图，不够好看。
亚细胞定位。FLAs这类，一般是定位膜上吧....当然作者通过实验发现也有不同。本氏烟的基因在本氏烟上做定位，只能说不能再准确了。拼图状的细胞，让我想起了十年前的我...屁颠屁颠跟着是师兄师姐看他们整实验。
这张图，应是让人眼前一亮的图。作者主要目的是看看基因在不同组织的表达。总的还说，好看，加分。于是，这个图打 99 分，扣 0.5 分，图片似乎长宽比出了点问题，字被压扁了。另外热图字与卡通热图的字体不统一，再扣 0.5 分。
不过，无论如何，这个图，这一文稿似乎正式引用 TBtools 卡通热图功能的第一篇。
这个就不解释了，生物胁迫.... 配色还行。
写在最后
断断续续写完。总的来说，这一文稿和上一个文稿类似，似乎是一类范式。怎么更好地阐述？打个比方，现在有非常多高校分子生物学实验工厂：
- 找一堆转录因子
- 定量（或已有表达谱）
- 批量双杂
.... 有好的结果就是一个小故事。如果还要扩展，那么现在可以补上ChiP-seq 或者做个转基因（往往拟南芥或番茄）。
可以说，一套组合拳下来，会筛选到不少转录因子或者基因，一个基因就是一个paper，高低就看后续了。
这些，其实也是某种意义的范式。
当然我不仅不反对，反而支持。技术总是技术，挖掘出来生物学问题，才是搞生物的人最关心的事情。
回到主题，我觉得大邪神这个文稿还是可以的，毕竟大多数人，并不大能把工作做出来，而且还刊发到Q1 中科院大类2区的期刊上。
End.
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