命门是中医学中的重要术语，是人体的生命之门户，故名命门。我国最早见于《黄帝内经》一书。《灵枢•根结篇》曰：“太阳根于至阴结于命门。命门者目也。”经文中“至”，作“最”或“极”解。至阴，即属：“阴之最甚者”。《素问•水热穴论》：“肾者至阴也。至阴者，盛水也……”
目即眼睛，与生命活动有关，医师在检查病人的生命体征时，就要观察眼睛瞳孔反射是否存在。正如《难经》所提出的命门是指生命之所在。如《难经•三十六难》其云：“脏各有一耳，肾独二者。何也？然，肾两者，非皆肾也，其左者为肾，右者为命门。命门者，诸神精之所舍，原气之所系也。”此段所述说，称心、肝、脾、肺、肾五脏中除了肾以外其他均为一个，唯独肾有两个，实际从临床医学来看，肾在五脏中是最安静的脏器，也是人体血管最丰富的脏器，在人体死亡过程中肾脏也是五脏中往往最后死亡的脏器。因此如果不是因肾病而死亡者，其生前可以立下捐肾的遗愿；使其肾脏在另一个生命体中继续生存下来，并发挥其微妙而精细的功能。人有两个肾脏，使人体有了极强的生命力，如一个肾脏受到损害，另一个健康的肾完全能替代完成其功能。人有这样的条件，完全是生物进化的结果。《难经》作者云：右肾为命门仅是说明命门与肾密切相关，我们从历代医书对命门的论述中，均可看清这一观点。但对命门的研究，历代医家均有不断深化的探索。
一、 命门是新生命诞生之门宅。如《难经•三十九难》云：“命门者，精神之舍也，男子以藏精，女子以系胞”；这说明命门与人体生殖系统密切相关，是孕育新生命诞生的所在地。并云：“其气与肾通”；因为肾藏精。在命门火衰的情况下，男子精冷，精子从活动度与数量上明显不足；或女子宫寒，即使形成了受精卵，也不能在子宫壁上安全着床、孕育。因此命门是真阴真阳交会从而产生新生命之场所。
二、命门为元气之根本。提出此学说的系明代医学家虞博，其在所著《医学正传》中写道，命门“为元气之根本，性命之所关”。当时大医学家张景岳也认为“命门为元气之根，为水火之宅。五脏之阴气非此不能滋，五脏之阳气非此不能发”。并说“命门之火谓之元气，命门之水谓之元精”。实际上其所指元气、元精，与肾阳、肾阴是完全一致的。日本的文字不少渊源于汉字，如元气一词在日文中也常被应用，但它更外衍具有健康、精神饱满、精力充沛等含义。
三、命门在二肾之间。此学说系明代大医家赵献可所提出，他的名著《医贯》中曰：“命门即在两肾各一寸五分之间，当一身之中。”并认为命门藏着人体之真火，并以当时民间常见的“走马灯”作形象化的比喻，命门之火犹如走马灯中的烛火，“火旺则动速，火微则动缓，火熄则寂然不动，而拜者、舞者、飞者、走者，躯壳未尝不存在。”由此可见赵氏认为命门仍为生命之根基，是存在于人体生命活动之全过程；此外并认为命门之火即是肾阳，并称肾无此则无以作强，膀胱无此则三焦之气不化、而水道不行；脾胃无此则不能蒸腐水谷，心无此则神明皆万事不能应。此番论述对中医治疗学，提供了明确的治疗思路。如治疗水肿病时，可考虑是否为肾阳虚衰所致，而用真武汤的温阳利水法；纳谷腹胀消化不良时，是否因命门火衰所致？是否需以附子理中汤加减以温阳导滞和中消痞之治法。所以中医的理、法、方、药应有其高度的一致性；以往曾出现过所谓“废医存药”的观点，显然与中医学原本的体系格格不入。
命门在二肾之间的学说，这也与中医经络学上的命门穴相符合。命门穴属督脉经，其位置在背后正中线上，第二腰椎棘突下凹陷中。其部位却为二肾之间。取穴时采用俯卧的姿势。其主治症候为：遗尿、尿频，遗精、阳痿、早泄、赤白带下，头晕耳鸣，癫痫，惊恐，手足逆冷腰膝酸软、头眩目花、精力减退、乏力疲劳等一派肾虚症候。除针刺取以补益手法外，并可采用隔姜灸、悬灸等以温补命门。如五更泄泻常为肾阳不足、命门之火虚弱所致，常以温补命门之火的方药外，也可以针灸温补命门，悬灸关元，神厥、气海、肾俞、脾俞等穴位配伍之。此常在中医病房中施治，确有效验。
四、命门与下丘脑功能密切有关。沈自尹院士于上世纪50年代即对命门之火即肾阳进行了研究，发现肾阳虚症病员，其反映肾上腺皮质功能的尿17-羟皮质类固醇值明显低下。这一发现结果得到了国内7个省市以及日本高雄病院等研究单位的公认。近来采用分子水平的检查方法，证明补肾药能提高下丘脑的双氢睪酮受体和力、以达到调节中枢的作用。如步入深秋后哮喘和老慢支病员在肾阳虚的情况下更易发病，这时在处方中适当地应用诸如紫石英、仙灵脾、仙茅及淡附片、肉苁蓉等温肾阳药，能达到较好的效果。
五、命门与丹田的关系。丹田原是道家术语，其称人体有上中下三丹田：在两眉间者为上丹田；在两乳之间者为中丹田，相当于胸部膻中穴；在脐下者为下丹田。位于脐及小腹部一巴掌大的部位，其包括关元、气海、神阙、命门等穴位。历代气功家多主张意守下丹田，因为这个部位对人体生命活动的关系甚为密切，它位于人体中心，是任脉、督脉、冲脉三脉经气运行的起点，十二经脉也都是直接或间接通过丹田而输入本经，再转入本脏。下丹田是真气升降、开合的基地，也是男子藏精、女子养胎的地方。故《难经》认为：下丹田是“性命之祖，生气之源，五脏六腑之本，十二经脉之根，阴阳之会，呼吸之门，水火交会之乡”。所以气功家多以下丹田为锻炼、汇聚、储存真气的主要部位。人的元气发源于肾，藏于丹田，借三焦之道，周流全身，以推动五脏六腑的功能活动。人体的强弱，生死存亡，全赖丹田元气之盛衰，所以养生家都非常重视保养丹田元气。
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