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q值(FDR)的理解和计算,并用R实现

q值(FDR)的理解和计算,并用R实现

作者: 上校的猫 | 来源:发表于2019-06-17 21:21 被阅读24次

    为什么要计算 q 值或者FDR?

    https://www.jianshu.com/p/d86823ecd3ac
    上面文章里挺详细。在进行多重假设检验的时候,例如生信中最常见的差异基因分析的时候,每个基因进行假设检验,也要进行2万多次。我们通常会设置信区间为0.95,也就是会存在0.05的假阳性,如果筛选出p<0.001的基因1000个,会存在50个是假阳性。所以要对p值进行矫正。

    R简单实现

    p_value # a vector
    p_adjust <- p.adjust(p_value,method = "BH")
    

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