CNCI(v 2.0)

install 'libsvm-3.0' before u run CNCI

#just like:
git clone git@github.com:www-bioinfo-org/CNCI.git
cd CNCI
unzip libsvm-3.0.zip
cd libsvm-3.0
make

compare

compare.py
（拿你组装好并且合并的转录本和已知的基因注释(参考基因组)作比较）

python compare.py -c coding_ref -n noncoding_ref -i input_gtf -o out_dir
# ref 需要有主要的属性信息:gene_id 'value'; transcript_id 'value'

CNCI

CNCI.py(--input:.fa or .gtf)

(用来辨别编码转录本或非编码转录本的分类工具)

python CNCI.py -f input -o output -p CPU_NUM -m ve(vertebreate)/pl(plant)
#-g 如果输入文件是.gtf就用这个参数
#-d 当输入文件时.gtf,就要用这个参数来指定参考基因组(reference genome)

filter_novel_lincRNA

filter_novel_lincRNA.py

(一个把上一步index转换成novel_lncRNA,novel_coding,ambiguous_genes,filter_out_noncoding 4类基因的工具)

python filter_novel_lincRNA.py -s 0 -l 200 -e 2 -i index -g unannotated_gtf -o out_dir
#-s SCORE
#-l LENGTH
#-e EXON_NUM

extractanno

extractanno.py(这个和官网的README里的extract.py有点不一样。extract已经是已经下架了，这个是在ncRNA里面找到的。)

python extractanno.py input.gtf output noncoding_ref coding_ref