CNCI数据上传教程

作者: 小杜的生信筆記 | 来源:发表于2022-10-20 07:33 被阅读0次

    CNCB数据上传


    CNCB(China National Center for Bioinformation,国家生物信息中心)

    一、官方网址

    https://www.cncb.ac.cn/

    官网界面

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    二、注册用户

    点击Login,进入注册界面,如果你找不到,那么直接进入这个网址:https://ngdc.cncb.ac.cn/gsub

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    点击注册Register

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    填写相关信息

    如实填写即可(注:全部是英文填写,以及邮箱必须可以收到邮件,下一步需要验证)

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    点击Submit以后,邮箱信息需要等待2-5分钟左右,我开始一直没收到信息,以为是邮箱错误。

    等待以后,你将收到一下信息(邮箱),在24h内必须确认,否则视为无效、

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    三、登陆

    OK,到这步你的注册就结束完成了,你可以登陆你的账号


    登陆界面

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    四、上传数据

    4.1 创建BioProject

    4.1.1 创建

    到这一步,你就可以创建你的BioProject文件,以及上传你的数据。

    你可以查看BioProject教程

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    在这里,我们可以看一下,我们需要填写的信息,以及最终别人可以看到的信息,我随机找了一个数据样本,如下图所示:

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    提交数据

    step one:

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    进入以后,得到如下界面

    我们在这里,首相创建一个BioProject项目

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    进入BioProject,里面有帮助文档自信查看即可

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    点击新建BioPrject,在这里可以修改相关信息,系统默认是你注册时的信息,修改后点击保存 并进入下一步

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    接着需要填写提交者信息、基本信息、项目类型、出版信息等,总共五个步骤。


    修改发布时间,最多只能延迟2年发布,这个得需要注意。

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    03 项目类型

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    05 概览 &提交

    这里你可以看你的全部提交信息

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    点击提交:

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    [图片上传失败...(image-1a6c2d-1650471902798)]

    提交以后的状态如上所示。

    4.1.2 BioProject 发布和挂起

    如用户需要提前发布BioProject信息 可 点击下图列表中 “立即发布Release Now))” 完成 提前释放(Status状态会变为 Checked OK Public)。此外,请注意当您BioProject关联的数据集发布后(包括GSA、GWH或是GVM数据集),与其关联的BioProject也将同时发布。

    4.1.2 BioProject修改和删除

    4.1.3 BioProject发布和挂起

    -- 具体操作,请看教程:你可以查看BioProject教程


    4.2 创建BioSample (多个生物学样本)

    BioProject 是对研究项目的总体描述。一个BioProject可包含多个生物学样本(BioSample

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    4.2.1 BioSample创建

    查看生物样本数据库(BioSample)使用说明

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    点击创建新建BioSample

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    批量样本提交(Batch BioSamples)模式(推荐) 只要您一次性上传的样本数大于 1,建议您使用批量样本提交 Batch BioSamples 具体步骤如下:

    • 提交者信息 Submitter))—用于收集数据提交者信息 系统 会 帮您 自动 填入 用户注册时姓名和电子邮件信息, 如部分信息需要调整, 可直接修改并通过“ 保存并进入下一项( Save and forward))”键完成修改。

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    在这里需要注意:在这里你有多个样本,进选择批量样本提取,并且选择前面你创建的项目编号

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    • 样本类型 Sample Type))—此页收集有关样本类型信息 。 若 BioProject包含不同类型样本类型( Sample type),您需要 进行 多次 创建 。

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    • 样本属性

    这里需要填写execl表格

    Plant.cn

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    eg.例子

    eg.Plant.cn

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    [图片上传失败...(image-76d841-1650471902798)]

    4.2.2 单样本的提交

    单样本目前基本用不到,基本都会有重复。如需要请自行看帮助文档

    4.3 提交GSA数据(原始RNA-seq)

    你可以看GSA的帮助文档,我们可以直接根据帮助文档里面的教程上传数据。其实在帮助文档中已经有非常详细的教程了

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    根据信息依次填写,相关信息即可。


    以下你需要填写相关的信息,我们在前面已经创建了BioProject和BioSample信息,在这里直接选择即可。

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    填写元数据信息

    详情信息请自行查看,比较多,也比较繁琐。

    eg.GSA_Template.cn

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