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手把手学习TCGA数据库:SNP突变分析第五期

手把手学习TCGA数据库:SNP突变分析第五期

作者: 765f2ea50d22 | 来源:发表于2019-07-25 14:21 被阅读46次

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各位科研芝士的朋友,大家好,TCGA_SNP的下载我们已经连续分享了4个帖子,分别是官网直接下载,Tcgabiolinks下载、UCSC-XENA下载以及cBioportal工具下载,今天我们分享SNP数据下载的最后一讲Fire Browse工具。

Fire Browse

(http://firebrowse.org/)

这是由 Broad研究所开发的用于TCGA数据挖掘可视化的网络平台,提供基因表达,突变等综合挖掘分析功能,类似于cBioportal。该网站在TCGA数据可视化中做的依旧不错,可以帮助大家更好使用TCGA这个资源丰富的数据库。毕竟所有资源的开发都是为了进一步对数据进行整合。下面我们就进入正题,网站主页是这样的:

继续回想一下,是不是还记得该网站的一个孪生兄弟, FireHouse,这个和Firebrowse的关系,就是Fire Browse是FireHouse的浏览器,FireHouse是数据的存储站。

那我们就先来认识一下FireHouse,我们主要关注SNP数据下载。

1. 首先我们进入FireHouse主界面,

如下:

点击第一个Data 下面的Browse,便进入肾上腺皮质癌的数据展示界面,会出现下面的界面。

看到了FireBrowse是不是有一种莫名的熟悉感?红色框框内部便是我们看到的for ACC,ACC是对肾上腺皮质癌的简写。

2. 点击Mutation Analyses,

便会出现下面的界面

3.识别突变基因

在红色框内分别代表在panel编辑,样本排序,是否显示网格,以及是否显示缺失的样本和legend。

4.点击样本排序,可以看到如下界面,表示根据突变基因情况,进行了样本排序:

5.是否显示网格,如下,

你会发现在红色框内出现了网格线:

6.是否显示缺失的样本,

注意体会二者区别


(不显示非突变样本)

(显示非突变样本)

7.Legend就不说了,我们继续看看突变基因是都可以倒叙排列,答案当然是可以的

点击红框内的mutation,便可以实现mutation排列倒叙,变成如下的状态。

Ok,今天的教程主要是带大家体验TCGA_SNP数据在Fire Browse上的数据分析,下期我们将基于MAF文件推出,TCGA的基于R语言数据处理MAF文件的方法,再见


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