多序列比对&&建树(mafft && iqtree2)

###can used
mafft --auto --inputorder /vol3/agis/chengshifeng_group/shiyan/1-genefamily/5-blast/4-commlist/fa_list/fa/$a > mafft/${a%.*}.faa
iqtree -s ../$a -bb 1000 -nt AUTO
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mafft --auto --inputorder GmARF8a_8b_Medtr5g076270.1.txt.fa > out2
mafft  --auto --clustalout --inputorder GmARF8a_8b_Medtr5g076270.1.txt.fa > out2
###多序列比对&&建树#############################################################################################################################
#muscle 生成phy格式
#muscle -in mouse_J.pro  -physout seqs.phy
#ClustalW2 生成phy格式###不好用啊
#echo "1\nyour.fa\n2\n9\n1\n4\n\n1\nyour.phy\nyour.dnd\nX\n\nX\n" |clustalw2
#MAFFT 生成phy格式
mafft --auto --phylipout --inputorder final.faa > final.phy
###muscle结果可能用到使用BMGE对序列剪齐
#java -jar BMGE.jar -i 16s_muscle.fas -t DNA -of 16s_muscle_trim.fas -m DNAPAM250:4 –g 0.5
iqtree2 -s 16s_muscle_trim.fas -T AUTO -B 1000
iqtree -s 16s_muscle_trim.fas -bb 1000 -nt AUTO
#使用ModelFinder寻找最优模型###得到最佳模型TIM3+F+R4
iqtree -s 16s_muscle_trim.fas -m MF -nt 2
#使用UFBoot2建树
iqtree -s 16s_muscle_trim.fas -m TIM3+F+R4 -bb 1000 -nt AUTO
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