Trimmonmatic进行NGS reads的过滤与修剪

###使用Trimmonmatic进行NGS reads的过滤与修剪####################################################################################################
java -jar /opt/biosoft/Trimmomatic-0.30/trimmomatic-0.30.jar PE \
-threads 20 -phred33 reads1.fastq reads2.fastq \
reads1.clean.fastq reads1.unpaired.fastq reads2.clean.fastq reads2.unpaired.fastq \
ILLUMINACLIP:/opt/biosoft/Trimmomatic-0.30/adapters/TruSeq3-PE.fa:2:30:10 \
LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:50
###参数###
#PE/SE   设定对Paired-End或Single-End的reads进行处理，其输入和输出参数稍有不一样。
#-threads   设置多线程运行数
#-phred33   设置碱基的质量格式，可选pred64
#ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10   切除adapter序列。参数后面分别接adapter序列的fasta文件：允许的最大mismatch数：palindrome模式下匹配碱基数阈值：simple模式下的匹配碱基数阈值。
#LEADING:3   切除首端碱基质量小于3的碱基
#TRAILING:3   切除尾端碱基质量小于3的碱基
#SLIDINGWINDOW:4:15   从5端开始进行滑动，当滑动位点周围一段序列(window)的平均碱基低于阈值，则从该处进行切除。Windows的size是4个碱基，其平均碱基质量小于15，则切除。
#MINLEN:50   最小的reads长度
#CROP:<length>   保留reads到指定的长度
#HEADCROP:<length>   在reads的首端切除指定的长度
#TOPHRED33   将碱基质量转换为pred33格式
#TOPHRED64   将碱基质量转换为pred64格式
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