问题:
我们进行生物信息数据分析时,少不了用各式R库(比如常用的富集软件:clusterProfiler,enrichplot,GOplot等)。目前,生信相关的R库大都存在在两处:Bioconductor和GitHub。由于稳定的因素,网站访问起来,有些不流畅。怎么办呢?
解决:
解决方法有多种,今天介绍一个相对合法直观且上手容易。简单来说就是购买一台云主机,在云主机上操作,如果有大数据需要传输则通过百度网盘实现。这样的思路适合应对生信分析不连续的任务。
1. 购买云主机 ,云主机,或者云服务器,VPS,ECS ,就是一种虚拟主机
云主机选择只需注意一点,就是云主机所在地,远一点,比如香港,新加坡……
在中国,云主机的购买完全合法,供应商众多,计费周期多以月为单位,最便宜的只有不足百元。
2.云主机系统
下图就是云主机管理后台,大部分云主机都会提供window和Linux两种系统,非常方便。这里,我们只需要关注两个信息,一个是主机IP地址,这个是公网IP,可以定位到唯一主机;一个默认密码,用来登录的。注意,云主机在初次系统配置安装非常耗时,笔者等了一个小时。
3.远程桌面登录
本地和云主机的链接通过远程桌面连接实现。云主机安装的Windows系统都是Windows Server 系列,远程桌面已经默认打开。
在运行中输入 mstsc,或者在附件中找到远程桌面连接,输入云主机的IP,用户名Administrator,以及密码(上图)。
4.数据传输
系统登录后,我们就可以自由使用这台云主机,上网查阅资料或者安装软件进行数据分析。只是,还有一个问题需要解决——数据传输。这里,我们用两种方法,分别针对小数据和大数据传输。
小数据传输:如果数据非常小,可以直接使用远程桌面提供的本地资源功能。在远程桌面连接界面点开选项,可以看到一排选项卡,点中 本地资源 在本地设备和资源中,选中剪切板,点开详细信息 可以看到本地的驱动器,勾选上共享的本地磁盘。再登录远程桌面,就可以看到共享的本地磁盘。
大数据传输:如果遇到大数据需要,可以使用网盘(默认为2T空间,足够存储数据)。
小结:
由于生信资料的源头大都离我们很远,我们直接访问不是很方便。“异地”云主机是一个非常不错的选项,特别适合,应对短期生信任务的科研人员。不论是数据下载还是数据分析。
本示例所用云主机(VPS)官网:locvps
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