2019-05-29-多基因联合建树 NJst 方法-Linux

作者: 曾杰_788c | 来源:发表于2019-06-18 15:07 被阅读0次

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Linux软件下载地址：https://github.com/adamallo/NJstM
安装环境：需要安装R和phybase R包。（忘了记录包的网址了，是一个比较难找的包）
使用方法：Rscript njstm.r treefile mapping method outputfile
.treefile：genetrees with phylip format
.mapping：gene-copy/species mapping file
.method:NJstM 中你想用的算法
outputfile：建好的物种树的名字。以phylip文件保存。

inputfile format

Mapping :映射是一个简单的表格，第一列是gene -copy，第二列是物种名。

image.png

物种

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