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augustus安装

augustus安装

作者: 灵动的小猪 | 来源:发表于2019-02-25 22:07 被阅读6次

安装之前,需要安装的软件:boost,samtools,bcftools,bamtools,docker,htslib
git clone https://github.com/Gaius-Augustus/Augustus.git
tar -xzf augustus.current.tar.gz
docker build -t augustus .
修改bam2wig/Makefile,bam2hints/Makefile,filterBam/src/Makefile这三个文件
make BAMTOOLS=/home/zhan/biosoft/bamtools-master
export PATH=$PATH:/augustus/bin:/augustus/scripts

ps:
下载和安装docker的步骤和方法
安装过docker以后,已经创建了一个docker群组,需要把用户添加到这个群组就可以使用了

usermod -G docker username #添加用户到组
newgrp docker #更新群组

参考

Augustus
docker安装
boost/shared_ptr.hpp: 没有那个文件或目录
BUSCO - 组装质量评估
Docker启动Get Permission Denied
ubuntu下docker添加国内镜像
Docker镜像构建文件Dockerfile及相关命令介绍
linux spec user: Unable to find user xxx

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