以下是查到的资料，目前似懂非懂。
关于对接盒子的设置 是分子对接的一个重要参数。
分子的大小可以通过回转半径Rg有效地描述，Rg是广泛使用的分子尺寸和质量分布指标。
研究表明，最高的预测精度在Rg/box尺寸比为0.35，对应2.857×Rg的盒子大小。
Rg为配体的Rg，只计算重原子。
那么本文的重点就是计算出Rg了！我开始查。
文中的计算网页打不开，我从百度百科看到公式是：
从博士论文《用分子模拟方法研究周质转运体系蛋白的结构与功能关系》中查到分子模拟中的回转半径计算应该是：
关于回转半径的解释：
引自《食品中大小分子相互作用.ppt》
微信公众号云生信 #软件工具#Gromacs使用教程（已经断更一年）
http://www.yinfotek.com/blog/autodock-vina2
提到设置盒子位置时，需要：
Grid > Set Map Types > Choose Ligand…
选择1UY6，点击Select Ligand。
Grid > Grid Box…
弹出Grid Options对话框。
Center > Center on ligand
此时，盒子中心自动移动到以配体分子的质心，Center Grid Box下的数值变为x center: 3.031、y center: 10.63和z center: 25.073。
点击Spacing (angstrom)右侧的滑轮，输入1，或者直接拖住滑轮向右滑至数值为1。
调整number of points in x-dimension、number of points in y-dimension和number of points in z-dimension为24、22和22
根据实际，调整盒子直至将配体分子包括住。
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