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染色体坐标排序

染色体坐标排序

作者: 因地制宜的生信达人 | 来源:发表于2018-12-24 21:21 被阅读24次

    染色体坐标排序

    绘图的时候经常会遇到这个问题,有些NGS软件也会遇到

    通常默认的排序:

    [1] "chr1"  "chr10" "chr11" "chr12" "chr13" "chr14" "chr15" "chr16"
     [9] "chr17" "chr18" "chr19" "chr2"  "chr3"  "chr4"  "chr5"  "chr6" 
    [17] "chr7"  "chr8"  "chr9" 
    

    这种情况下sort是没有意义的。

    可以通过在数字前面补0来,如果有X,Y染色体,可以转换为数值

      chr=  paste('chr',
                  sprintf('%02d',as.numeric(gsub('chr','',pos_df$chr))) ,
                          sep = '') 
    

    修改后再次sort如下:

    [1] "chr01" "chr02" "chr03" "chr04" "chr05" "chr06" "chr07" "chr08"
     [9] "chr09" "chr10" "chr11" "chr12" "chr13" "chr14" "chr15" "chr16"
    [17] "chr17" "chr18" "chr19"
    

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