构建基因染色体坐标文件

如图：

# 下载mm10的gtf：

ftp网址：ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_mouse/release_M17/

axel -n 10 ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_mouse/release_M17/gencode.vM17.annotation.gtf.gz

# 脚本：

zcat gencode.vM17.annotation.gtf.gz |perl -alne '{next unless $F[2] eq "gene";/gene_name \"(.*?)\";/; print"$F[0]\t$F[3]\t$F[4]\t$1"}' > allGene.mm10.position

# head查看：

good

ref：根据gtf格式的基因注释文件得到人所有基因的染色体坐标-生信人必练的200个数据处理任务-生信技能树

ref2：基因组标准注释文件-Gencode数据库 | 生信菜鸟团